dr Julianna LeMieux

Zgodnie z oczekiwaniami firmy NGS podzieliły się swoimi wiadomościami z pełną mocą na corocznym spotkaniu Amerykańskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka (ASHG), które odbyło się w zeszłym tygodniu w Waszyngtonie. Niezależnie od tego, czy aktualizacje pochodziły ze stoisk wystawowych prezentujących instrumenty, czy też od użytkowników udostępniających dane w salach wykładowych, każda firma mogła podzielić się postępami. W tym miejscu przedstawiamy niektóre z najważniejszych wydarzeń, które zauważyliśmy podczas spotkania.

Długie odczyty są mocne

Kiedy dr Gordon Sanghera, współzałożyciel i dyrektor generalny Oxford Nanopore Technologies (ONT) usiadł ze mną na stoisku ONT, aby przedstawić aktualne informacje, przygotował ich najnowsze wiadomości, cofając się o 18 miesięcy. Odkąd ONT wprowadziło na rynek swoją nową technologię w marcu 2022 r., „przesunęło granice dokładności do punktu, w którym jesteśmy równoznaczni z sekwencjonowaniem z krótkim odczytem”. Kiedy to się stało, kontynuował, „w końcu moglibyśmy dać wam wszystko, co można zyskać dzięki krótkim lekturom. Ponieważ jednak 8% genomu nie zostało zmapowane, co oznacza, że ​​25% wszystkich zmian chorobotwórczych jest ukrytych, możemy Ci to również zaoferować. I to był ważny moment, bo ludzie zaczęli zdawać sobie sprawę, że z krótkich lektur można uzyskać wszystko, czego chcą”.

Teraz w ASHG „nasi klienci nie mówią o dokładności. Mówią o aplikacjach.”

To, co ONT zauważyło ostatnio, w ciągu ubiegłych sześciu miesięcy, to duże zainteresowanie napływające do przekraczania przepaści w kierunku sekwencjonowania stosowanego – wykorzystania ONT w zastosowaniach klinicznych i przemysłowych. Sanghera podkreśla, że ​​ma to związek z ich wyjątkową obudową: od wysokiej przepustowości, PromethION o dużej gęstości, po podręczny miniION i wszystko pomiędzy. Zauważa, że ​​zakres ten daje możliwość przejścia od środowiska badawczego (w którym użytkownicy wszystko sekwencjonują) do testów stosowanych. Patrząc na następne 12–18 miesięcy, ONT jest podekscytowany możliwością wprowadzenia swojej technologii na rynki zastosowań.

Kiedy przed konferencją spotkałem się z Christianem Henrym, dyrektorem generalnym PacBio, opowiedział, czego oczekuje w tym roku. Ponieważ PacBio wybrało ASHG 2022 do wprowadzenia na rynek swoich dwóch nowych instrumentów – moment, który Henry określił jako „największy skok naprzód w historii firmy” – byłem ciekaw, o czym będą rozmawiać rok później. Chociaż plany PacBio przed tegorocznym spotkaniem ASHG nie były tak wspaniałe, entuzjazm Henry’ego wciąż rósł na pełnych obrotach. „To był burzliwy rok” – powiedział GEN.

Henry powiedział mi, że jest podekscytowany kilkoma nowymi obszarami w PacBio. Pierwsza – w stylu Sanghery – skupiała się na diagnostyce. Nastąpiło to po ogłoszeniu w zeszłym miesiącu, że Children’s Mercy Kansas City jest pierwszym systemem opieki zdrowotnej, który przyjął sekwencjonowanie HiFi jako test diagnostyczny pierwszego rzutu w przypadku rzadkich chorób. Ponadto Henry nie mógł się doczekać dyskusji na temat multiomiki w ASHG.

W ciągu tygodnia firma PacBio podawała także inne wiadomości w komunikatach prasowych. Po pierwsze, firma zaczęła przyjmować zamówienia na zestawy Kinnex RNA, które zwiększają przepustowość sekwencjonowania RNA pełnej długości, RNA jednokomórkowych i 16S rRNA w systemach sekwencjonowania PacBio. Ogłosiła także dodanie do PacBio kompatybilności dwóch trzeciorzędnych partnerów analitycznych — Geneyx i Golden Helix — co umożliwi klientom wykorzystanie danych HiFi do badań nad chorobami. Na koniec firma ogłosiła utworzenie konsorcjum HiFi Solves — globalnego konsorcjum, które skupia badaczy z 15 instytucji badawczych zajmujących się genomiką w 11 krajach w celu zbadania wartości sekwencjonowania ludzkiego genomu opartego na HiFi może mieć w zastosowaniach w badaniach klinicznych oraz w celu pogłębienia naszej wiedzy na temat choroby genetyczne.

Szansa spotkania

Doktor Gilad Almogy, dyrektor generalny Ultima Genomics i ja mamy tendencję do wpadania na siebie na konferencjach. Na początku tego roku w AGBT złapaliśmy okazję na przejażdżkę windą. Tym razem było to w kawiarni (co mówi coś, biorąc pod uwagę 8000 uczestników spotkania), co szybko zamieniło się w aktualizację informacji o firmie.

Nie planowałem spotkania z Almogy, ponieważ niedawno odwiedziłem zakład produkcyjny tej firmy we Fremont w Kalifornii, zapoznając się z ich technologią i pytając Almogy o plany firmy. Pomimo tego niedawnego głębokiego nurkowania, Almogy miał do przekazania wieści, kiedy dogoniliśmy ASHG. Potwierdził, że termin wprowadzenia na rynek instrumentu UG 100 do końca tego roku jest zgodny z planem. Drugim było ujawnienie nowych danych, które – jego zdaniem – podkreślają ich dokładność. Podczas targów AGBT 2022, kiedy firma pojawiła się po raz pierwszy na scenie, dokładność indeli wyniosła około 96%. Obecnie, biorąc pod uwagę nowo opublikowany zbiór danych, wynosi on nieco ponad 99%. Dane pokazują również dokładność 99,85 SNP F1. Poza tym Ultima była cicha. Almogy twierdzi jednak, że nie może się doczekać lutego przyszłego roku, kiedy firma będzie złotym sponsorem spotkania AGBT na Florydzie. Nie jestem pewien, gdzie i kiedy dogonię tam Almogy, ale nie mogę się doczekać, aby usłyszeć ich aktualizacje.

Krótkie lektury

Firmy zajmujące się sekwencjonowaniem krótkiego odczytu były w centrum uwagi, przekazując komunikat, że nie tylko tutaj są, ale też nigdzie się nie wybierają.

Na dużym stoisku Singular Genomics firma zaprezentowała nowe dodatki do swojej aktualnej oferty. Jednym z nich była zgodność sekwencjonowania RNA pojedynczych komórek PIPseq z platformą G4. PIPseq z Fluent Biosciences zapewnia przygotowanie biblioteki do sekw. RNA. Kolejną notatką od firmy była możliwość przeprowadzenia sekwencjonowania o bardzo niskim zróżnicowaniu na G4 bez konieczności stosowania skoku PhiX lub rozległych modyfikacji przepływu pracy. I chociaż ich najnowsza komora przepływowa, F3, została ogłoszona na początku tego roku, firma informuje, że obecnie wysyła je do klientów.

Spotkałem się z Robem Tarboxem, wiceprezesem ds. produktów i marketingu Complete Genomics, który powiedział mi, że celem firmy w ASHG było edukowanie ludzi na temat ich instrumentów i umożliwienie im „poznania ich”. W naszej rozmowie Tarbox poruszył jeszcze dwie ważne kwestie. Po pierwsze, Complete jest jedyną firmą zajmującą się sekwencjonowaniem, która oferuje wszystko, czego potrzebuje użytkownik, w tym własną robotykę, na potrzeby sekwencjonowania. „Kompletne” to, powiedział mi, „jedyne miejsce, w którym można rozpocząć laboratorium od zera. Nie ma nikogo innego, kto mógłby wykonać cały proces.” Inną kwestią było to, że oferowali program „wypróbuj, zanim kupisz”, w ramach którego, jego zdaniem, ludzie mogą przetestować swoje instrumenty przed dokonaniem zakupu.

Na stoisku firmy Illumina przedstawiciele zaprezentowali nową komorę przepływową P4 do systemów NextSeq 1000 i 2000. Firma opublikowała nowe dane z niedawno wydanej komory przepływowej 25B na NovaSeq X, a także zaktualizowane dane z kwartału 40 dotyczące maszyn o dużej i średniej przepustowości. Firma była zajęta wieloma rozmowami i prezentacjami. Jednym z nich była rozmowa przy kominku z dr Catherine Tcheandjieu, DVM, asystentką badacza w Gladstone Institutes i Melissą Dempsey, menedżerką ds. rozwoju rynku testów na rzadkie choroby w firmie Illumina. Tematem było znaczenie różnorodności i włączenia w przestrzeni genomiki. Podczas branżowej sesji edukacyjnej prowadzonej przez dr Carole Ober, kierownik wydziału genetyki człowieka na Uniwersytecie w Chicago, zaprezentowano badania charakteryzujące cechy CpG, które najprawdopodobniej przyczyniają się do ryzyka powszechnych chorób, a także opracowano niestandardową tablicę do badania astmy i alergii choroby.

Firma Element Biosciences przedstawiła nowe dane od klientów z onkologii i immunologii, aby podkreślić rolę swojego instrumentu AVITI w obszarze rzadkich i nierozpoznanych chorób genetycznych. Plakat autorstwa doktora Stephena Eackera, wiceprezesa ds. badań i rozwoju w firmie Phase Genomics, zatytułowany „Cytogenomika nowej generacji wykorzystująca technologię ligacji zbliżeniowej na platformie sekwencjonowania genomu AVITI” podkreślił, gdzie sekwencjonowanie DNA Hi-C może potencjalnie dostarczyć danych w jednym procesie, który obecnie wymaga wielu odrębnych testów.

Element był także gospodarzem wykładu Patricka Kennedy’ego, technika badawczego w laboratorium dr Sama Myersa, adiunkta w Instytucie Immunologii La Jolla, zatytułowanego „Odkrycie nowatorskich sieci sygnalizacji do transkrypcji w edytorze zasad sprzęgania aktywacji komórek T ekrany z multiomiką jednokomórkową.” Na koniec warsztaty podczas lunchu obejmowały prezentację Keri Ramsey, współdyrektorki klinicznej Centrum Rzadkich Zaburzeń Dziecięcych w TGen, zatytułowaną „Efektywny projekt sekwencjonowania trio całego genomu prowadzi do wysokiej wydajności diagnostycznej w przypadkach rzadkich zaburzeń neurologicznych”, która przedstawione ustalenia, które ostatnio opublikowano w medRxiv w ramach którego zidentyfikowano prawdopodobne genetyczne przyczyny zaburzeń neurologicznych u dzieci.

Podsumowując, firmy NGS – zarówno weterani, jak i nowi uczestnicy – ​​radzili sobie dobrze w ASHG. Choć ten rok nie obfitował w wielkie zapowiedzi i premiery nowych instrumentów, firmy idą do przodu. Większość firm, z którymi rozmawiałem, stwierdziła, że ​​będą miały więcej do powiedzenia na lutowym AGBT. A my tam będziemy, żeby to wszystko omówić.