Cra​​​​​​​​dle, platforma pomagająca naukowcom w projektowaniu i programowaniu białek, opublikowała dzisiaj wyniki swojej pierwszej ankiety BioDeveloper, badającej metody i priorytety biodeweloperów w celu zbudowania obrazu trendów w sektorze biologii syntetycznej. Ankieta objęła ponad 150 biodeweloperów i została przeprowadzona we współpracy z Bits in Bio, globalną społecznością skupiającą się na tworzeniu oprogramowania dla nauki.

Kluczowe wnioski z badania obejmują:

Kodowanie jest obecnie podstawową umiejętnością biologów – i przeważnie jest samoukiem

• Kodowanie jest obecnie podstawową umiejętnością osób pracujących w biotechnologii. Ponad 8 na 10 respondentów (87%) (87%) respondentów pisze obecnie kod — 55% co tydzień pisze skrypty do automatyzacji przepływów pracy, a 39% co tydzień programuje inżynierię danych lub potoki.
• Większość twierdzi, że ich umiejętności kodowania są samoukiem. Trzy czwarte (74%) wszystkich respondentów nauczyło się, wykonując pracę, a 63% w szkole lub na studiach
• Najpopularniejszym językiem kodowania był Python przy czym 97% respondentów używało go w ciągu ostatnich 12 miesięcy do przeprowadzania analizy danych. Shell (Bash/Powershell) był kolejnym najczęściej używanym językiem kodowania (używanym przez 62%), następnie R (53%), SQL (41%) i HTML/CSS (13%)

Większość biodeweloperów już korzysta z uczenia maszynowego

• Uczenie maszynowe jest obecnie uznanym narzędziem w biologii. Prawie trzy czwarte (73%) biodeweloperów stwierdziło, że obecnie wykorzystuje uczenie maszynowe w swojej pracy. 26% osób korzystających z uczenia maszynowego robi to co tydzień, a 20% co miesiąc.
• 4 na 10 osób pracujących in silico korzysta obecnie z ML (80%), przy czym 68% naukowców zajmujących się mokrymi laboratoriami używa obecnie ML.
• Adopcja uczenia maszynowego ma się dalej rozwijać. 82% osób, które jeszcze nie korzystają z uczenia maszynowego w swojej pracy, deklaruje, że jest zainteresowane zrobieniem tego w przyszłości.

Inżynieria białek jest priorytetem dla biodeweloperów

• Białka są głównym obszarem zainteresowania biodeweloperów. Badanie wykazało, że 71% respondentów albo już pracuje nad inżynierią białek, albo chce zbadać to w przyszłości
• Inżynieria białek oferuje różnorodne zastosowania. Przedmiotem zainteresowania były enzymy, przeciwciała, krótkie peptydy i białka regulujące geny. 53% osób interesuje się enzymami, a 44% chce pracować nad białkami regulującymi geny w ciągu najbliższych 12 miesięcy.

Jako firma założona w celu ułatwienia biologom projektowania i budowy białek, chcieliśmy zrozumieć, w jaki sposób biolodzy wykorzystują technologię w swojej pracy i do czego ją wykorzystują. Fascynujące jest obserwowanie rosnącej roli, jaką kodowanie i uczenie maszynowe odgrywają w biologii i jasne jest, że naukowcy zajmujący się badaniami laboratoryjnymi wykorzystują te narzędzia do dalszej pracy. Wraz z szybkim okresem rozwoju i dojrzewania technologii sztucznej inteligencji wydaje się, że będzie to normą dla postępu prac biologów.

Uderzył nas również nacisk na projektowanie białek. Białka mają potencjał, by stać się głównym narzędziem w walce z wielkimi wyzwaniami przyszłości; od przeciwdziałania zmianom klimatycznym i zanieczyszczeniom, po leczenie chorób i tworzenie przyjaznych dla środowiska alternatywnych zasobów żywności, odzieży, materiałów i chemikaliów. Fantastycznie jest widzieć tak duże zainteresowanie biodeweloperów w tym sektorze, ponieważ pokazuje to rosnącą świadomość potencjału białek, które mogą rozwiązać tak wiele najważniejszych problemów na świecie”.

Stef van Grieken, dyrektor generalny i współzałożyciel firmy Cradle

Bits in Bio powstało, aby zapewnić przestrzeń dla ludzi budujących na styku oprogramowania i nauki. Ważną częścią naszej pracy jest zbieranie opinii społeczności na temat narzędzi i technologii, z których korzystają na co dzień. Mamy nadzieję, że udostępniając te wyniki w szerokim zakresie, zachęcimy biodeweloperów do szerszej komunikacji na temat najlepszych praktyk. Oczywiste jest, że oprogramowanie staje się coraz ważniejsze dla odkryć naukowych i jesteśmy oddani pomaganiu zarówno naukowcom, jak i programistom w poruszaniu się po tym ekscytującym skrzyżowaniu”.

Nicholas Larus-Stone, twórca Bits in Bio i dyrektor generalny Sphinx Bio

The Stan tech-bio Raport powstał na podstawie ankiety przeprowadzonej wśród 157 respondentów z 18 krajów na całym świecie. Ankietę prowadzono od 28 listopada 2022 do 5 stycznia 2023 roku