W samym Bengaluru XBB.1.16 zostałoby zainfekowanych tysiące. | Źródło zdjęcia: Hindus

Rekombinant XBB.1.16 Omicron wykryty po raz pierwszy w Indiach 25 grudnia 2022 r. stał się wariantem dominującym w tym kraju. Na podstawie 2856 sekwencji genomu z Indii opublikowanych w GISAID między 1 grudnia 2022 a 8 kwietnia 2023, zespół kierowany przez dr Rajesha P. Karyakarte, kierownika Wydziału Mikrobiologii w BJ Medical College w Pune, odkrył, że XBB.1.16 rodowód wzrósł z 9,3% w pierwszym tygodniu lutego do 79,17% w pierwszym tygodniu kwietnia. Wyniki badania, które nie zostały jeszcze zrecenzowane, zostały opublikowane na serwerze preprint medRxiv.

Liczba przypadków w Indiach wykrytych za pomocą testów RT-PCR zaczęła powoli rosnąć w pierwszym tygodniu marca i osiągnęła szczyt 19 kwietnia z 12 591 infekcjami i dziennym wskaźnikiem pozytywnych wyników testu na poziomie 4,39%. Ponieważ codzienne testy pozostają na bardzo niskim poziomie, liczba wykrytych przypadków nie odzwierciedla rzeczywistego rozprzestrzeniania się wariantu XBB.1.16.

Natomiast nadzór środowiskowy przeprowadzony poprzez badanie próbek ścieków z 28 oczyszczalni ścieków rozsianych po całym Bengaluru przez Tata Institute for Genetics and Society (TIGS) ujawnił prawdziwy zasięg rozprzestrzeniania się wirusa w mieście. Jedna próbka pobierana raz w tygodniu z każdej z 28 oczyszczalni pokazuje, że fragmenty RNA znalezione w ściekach zaczęły rosnąć od początku marca i osiągnęły szczyt 1 kwietnia.

W szczytowym momencie w mieście było ponad 80 000 kopii wirusa na ml. Oznaczałoby to, że tysiące ludzi zostało zarażonych w samym Bengaluru.

Próbki ścieków

„W próbkach ścieków znajdujemy tylko fragmenty RNA wirusa, a nie samą cząsteczkę wirusa. Ponieważ jedna zarażona osoba może rozsiać 10 milionów kopii, możliwe jest obliczenie liczby zarażonych osób, biorąc pod uwagę całkowitą objętość ścieków oczyszczonych w każdej oczyszczalni” – mówi dr Rakesh Mishra, dyrektor firmy TIGS, która zajmuje się ochroną środowiska nadzór nad SARS-CoV-2 w Bengaluru od sierpnia 2021 r.

„Wygląda na to, że Bengaluru było świadkiem niewidzialnej fali COVID-19, która była znacznie większa niż trzecia fala napędzana przez warianty BA.1 i BA.2 Omicron w styczniu 2022 r.”, mówi. I tak musi być w całych Indiach, ponieważ XBB.1.16 rozprzestrzenił się w całym kraju w marcu-kwietniu. W Bengaluru w czerwcu 2022 r. nastąpiła kolejna cicha fala napędzana przez jeden z wariantów Omicron.

„Ponieważ oczyszczalnie są rozmieszczone w całym Bengaluru, możemy stwierdzić, w którym obszarze miasta jest więcej zarażonych osób, mierząc obciążenie patogenami. Nadzór nad ściekami może dostarczyć szczegółowego obrazu infekcji w mieście. A to pomoże w doradzaniu i ostrzeganiu władz miejskich przed każdym nowym wariantem lub wzrostem infekcji, nawet jeśli nie jest to widoczne” – mówi.

Niechęć

Liczba codziennych testów nie tylko gwałtownie spadła, ale ludzie niechętnie poddają się testom, nawet gdy objawy są oczywiste. W wielu przypadkach zarażeni pozostają bezobjawowi.

Testowanie ścieków jest aktywną formą nadzoru środowiskowego i jest stosowane od dziesięcioleci w przypadku polio. Zapewnia dość dokładny pomiar ładunku patogenów w ściekach, a co za tym idzie, zakresu rozprzestrzeniania się wirusa w społeczności. Największą zaletą jest to, że nadzór nad ściekami nie wymaga testowania zakażonych osób ani posiadania urządzeń do przeprowadzania testów. Testowanie ścieków na obecność fragmentów RNA jest również dość łatwe.

„Co tydzień dzielimy się wynikami monitoringu ścieków z władzami miejskimi (BBMP). Dzięki woli władz miejskich mogliśmy podjąć się tego nadzoru” – mówi dr Mishra. „W związku z tym, że wirus SARS-CoV-2 nadal się utrzymuje, a wirus nadal ewoluuje, konieczne jest podjęcie nadzoru środowiskowego w każdym mieście w ciągu najbliższych dwóch lat”.