NOWY JORK – Klinicyści z Dana-Farber Cancer Institute korzystają z wewnętrznie opracowanego programu wspomagania decyzji w celu określenia terapii opartej na biomarkerach lub opcji badań klinicznych dla większości pacjentów z rakiem przewodu pokarmowego, którzy przechodzą badania molekularne.

Chociaż mniejszość pacjentów ostatecznie zakończyła zalecaną terapię z różnych powodów, takich jak brak możliwości udziału w badaniach, naukowcy zaangażowani w program o nazwie Gastrointestinal Treatment Assistance About Genomic Evaluation of Tumours (GI TARGET) stwierdzili, że nadal poprawiła dostęp pacjentów do leczenia i zapewniła bardzo potrzebne wsparcie onkologom walczącym o nadążanie za postępami w onkologii precyzyjnej.

Onkolodzy z Dana-Farber mogą molekularnie profilować guzy pacjentów za pomocą własnej platformy sekwencjonowania nowej generacji OncoPanel, ale raporty z takich testów są zwykle długie, skomplikowane i trudne do rozszyfrowania. Dzięki programowi GI TARGET, który został opracowany przez ekspertów z Dana-Farber Gastrointestinal Cancer Center, Brigham & Women’s Hospital Center for Advanced Molecular Diagnostics oraz Dana-Farber Knowledge Systems Group, onkolodzy mogą zlecić ekspertom przegląd wyników profilowania nowotworów pacjentów i otrzymać wsparcie w identyfikowaniu opcji terapii ukierunkowanych na biomarkery lub badań klinicznych.

W JCO Precyzyjna Onkologia w tym miesiącu naukowcy zaangażowani w ten program poinformowali o dotychczasowym wpływie na podstawie przeglądu 500 przypadków pacjentów. Opublikowane wyniki obejmowały dane pacjentów leczonych przez okres sześciu miesięcy w 2019 roku przez 19 lekarzy onkologów w Centrum Onkologii Przewodu Pokarmowego.

Marios Giannakis, onkolog medyczny i badacz kliniczny w Dana-Farber Gastrointestinal Cancer Center, który pracował nad GI TARGET, powiedział, że projekt połączył dwa wieloletnie programy w Dana-Farber, aby lepiej wspierać onkologów: inicjatywę PROFILE, w ramach której każdy pacjent z zaawansowanym rak jest poddawany profilowaniu molekularnemu za pomocą OncoPanel i MatchMiner, wewnętrznej platformy dopasowującej badania kliniczne instytutu. Następnie dodał automatyczny przegląd wyników OncoPanel albo przez pełną tablicę ds. guzów molekularnych, albo przez zasób nazwany Molecular On-Call, w którym onkolog z doświadczeniem w genomice i naukowiec zajmujący się genomiką kliniczną przeglądają raporty z testów.

Program Dana-Farber pojawia się wraz ze wzrostem wykorzystania profilowania genomowego, pojawianiem się na rynku coraz większej liczby precyzyjnych leków onkologicznych i przyjmowaniem nowych biomarkerów prognostycznych. Wiodące instytucje onkologiczne, takie jak Dana-Farber, które zapewniają pacjentom profilowanie nowotworów, zdają sobie sprawę, że lekarze potrzebują pomocy w nadążaniu za szybko zmieniającym się krajobrazem precyzyjnego leczenia onkologicznego. Niektórzy inwestują w budowę wewnętrznych MTB i systemów wspomagania decyzji, podczas gdy inni zlecają ekspertyzę na zewnątrz.

„Zdajemy sobie sprawę, że sami klinicyści mogą nie mieć czasu lub wiedzy, aby zajmować się i interpretować wyniki genomiczne w klinice” – powiedział Giannakis. „Potrzeba ma związek zarówno z rosnącą ilością informacji genomicznych, które onkolodzy mają rozumieć, jak i zajętymi praktykami klinicznymi, w których możesz nie mieć czasu, aby faktycznie przejrzeć wyniki, zinterpretować je, porozmawiać z kolegami i przekazać zalecenia z powrotem do pacjentów w czasie rzeczywistym”.

Aby zapewnić większe wsparcie, Giannakis i współpracownicy opracowali GI TARGET, aby automatycznie udostępniać eksperckie recenzje wyników OncoPanel i zalecać interwencje.

OncoPanel bada 447 genów związanych z rakiem, umożliwiając identyfikację wariantów pojedynczych nukleotydów, insercji, delecji i wariantów liczby kopii, a także wariantów przegrupowań strukturalnych wybranych genów. Panel został włączony do rutynowej opieki nad pacjentami z niektórymi typami nowotworów w Dana-Farber od 2014 roku. Większość przypadków przeanalizowanych przez GI TARGET to nowotwory jelita grubego i trzustki, a następnie nowotwory przełyku, dróg żółciowych i inne nowotwory przewodu pokarmowego.

Większość raportów GI TARGET (90 procent) zawierało co najmniej jedno zalecenie dla prowadzącego onkologa, przy czym 81 procent pacjentów otrzymało zalecenie leczenia jedną lub kilkoma terapiami kierowanymi molekularnie. Wśród osób z zaleceniem leczenia 80 procent ostatecznie zapisało się do badania klinicznego medycyny precyzyjnej. Każdy raport zawierał średnio dwa zalecenia dotyczące badań klinicznych. W ramach programu GI TARGET 6 procent pacjentów otrzymało zalecenia dotyczące leczenia zgodnie z zaleceniami z użyciem środka ukierunkowanego molekularnie, a 25 procent otrzymało zalecenia dotyczące leczenia poza wskazaniami za pomocą środka ukierunkowanego molekularnie.

Czas realizacji zaleceń GI TARGET różnił się w zależności od przepływu pracy, przez który przeszedł raport. Prostsze przypadki, takie jak te z typowymi profilami molekularnymi lub kilkoma możliwymi do zastosowania zmianami, zostały przejrzane przez Molecular On-Call. Bardziej złożone przypadki, takie jak nowotwory z wieloma możliwymi do zastosowania zmianami lub te wymagające wkładu ekspertów z innych oddziałów, takich jak patolodzy lub chirurdzy, były wysyłane do dyskusji do MTB, które spotyka się co tydzień.

W przypadku 33 procent przypadków zbadanych przez MTB zalecenia dotyczące leczenia były zazwyczaj dostępne w ciągu czterech dni, a w przypadku pozostałych 67 procent przypadków zweryfikowanych przez Molecular On-Call czas realizacji zaleceń wynosił dziewięć dni. Programy MTB i Molecular On-Call analizowały średnio 20 przypadków tygodniowo.

Aby jeszcze bardziej przyspieszyć zdolność pacjentów do uzyskania zalecanych terapii, naukowcy zautomatyzowali niektóre procesy, takie jak użycie MatchMiner do zalecania badań klinicznych, i zatrudnili oddanego naukowca zajmującego się genomikiem klinicznym do pomocy w programie.

„Ten program był tour de force aby ocenić i zinterpretować wyniki genomiczne wszystkich pacjentów podczas ich generowania” – powiedział Giannakis. „Wymagało to niektórych z tych kroków, takich jak automatyzacja algorytmów i baz danych oraz posiadanie tych specyficznych przepływów pracy, abyśmy mogli wykonywać wiele, wiele przypadków tygodniowo. „

Naukowcy stwierdzili, że jednym z obszarów, które wykazały „skromne” wyniki, był odsetek klinicystów, którzy zastosowali się do zaleceń. W okresie badania trwającym sześć miesięcy u 16 procent pacjentów z dostępnymi danymi kontrolnymi podjęto działania kliniczne w oparciu o zalecenia GI TARGET.

Giannakis zauważył, że istnieje wiele potencjalnych powodów, dla których klinicysta nie przyjąłby zalecenia, zauważając, że badanie nie zostało zaprojektowane w celu zmierzenia działań kontrolnych, a krótki czas trwania badania mógł nie uwzględniać wszystkich decyzji dotyczących dalszych działań.

Innym czynnikiem wpływającym na niskie wykorzystanie zaleceń może być to, że sugestie dotyczące leczenia oparte na profilowaniu guza były generowane dla pacjentów niezależnie od tego, czy aktywnie szukali nowego leczenia. „Raporty zostały wygenerowane dla wszystkich pacjentów z wynikami profilowania guza, niezależnie od tego, czy potrzebowali badania, czy też zażądał tego usługodawca” – powiedział Giannakis. „Pacjent może mieć wygenerowany raport, ale może doskonale sobie radzić w chemioterapii pierwszego rzutu, na przykład w przypadku raka okrężnicy”.

Nawet jeśli klinicyści nie wykorzystali raportów natychmiast, mogą być przydatne w przyszłości, jeśli rak pacjenta nawróci po początkowym leczeniu. Raport może nadal służyć do kierowania następną linią leczenia, zapewniając wgląd w zmiany w guzie pacjenta i dopasowanie do badań klinicznych, dodał Giannakis.

Rejestracja do badań klinicznych jest również przeszkodą dla pacjentów, co mogło mieć wpływ na tempo działań klinicznych. Raport GI TARGET może zalecać badanie, ale nie uwzględnia dostępności miejsc, które umożliwiłyby włączenie pacjentów. Do tego dochodzą kwestie logistyczne związane z zapisaniem się do badania, takie jak lokalizacja ośrodka badawczego, częstotliwość zgłaszania się pacjenta na badania i związane z tym koszty, które mogą jeszcze bardziej utrudnić pacjentom udział w badaniu, powiedział Giannakis.

„W porównaniu z historyczną liczbą zapisów na badania kliniczne w Centrum Onkologii Żołądkowo-Jelitowej, zauważyliśmy podwojenie wskaźnika zapisów od czasu wprowadzenia GI TARGET” – zauważył.

Program był kontynuowany poza tym badaniem i obecnie dokonał przeglądu ponad 2700 przypadków. Idąc dalej, zespół Giannakisa ma nadzieję na dalsze ulepszanie i rozszerzanie GI TARGET, na przykład poprzez dodawanie danych dotyczących biomarkerów immunologicznych lub funkcjonalnych badań przesiewowych za pomocą organoidów lub modeli mysich, aby zalecenia były bardziej spersonalizowane. Badają również inne badanie, w którym mają nadzieję ocenić, czy program taki jak GI TARGET faktycznie poprawia wyniki pacjentów.

„Wyzwanie przed nami polega na dalszym wykazywaniu korzyści płynących z tych programów, abyśmy mogli dalej przekonywać akademickie i społecznościowe praktyki onkologiczne do ich powszechnego stosowania” – powiedział Giannakis.