Naukowcy z deCODE Genetics, spółki zależnej Amgen, skupiają się na możliwych do wykorzystania genotypach wykrytych w populacji islandzkiej. Niedawno naukowcy odkryli, że około 1 na 25 Islandczyków był nosicielem genotypu, na którym można było podjąć działania, a noszenie takiego genotypu wiązało się ze skróceniem długości życia.

Badanie to zostało opublikowane w New England Journal of Medicinew artykule „Zaskarżalne genotypy i ich związek z długością życia na Islandii”.

Dwa lata temu American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) wydało zalecenie, aby zgłaszać możliwe do wykorzystania genotypy w 73 genach. Są to genotypy zwiększające ryzyko choroby, dla której ustalono środki zapobiegawcze lub terapeutyczne. Brakuje jednak wiedzy na temat możliwych do wykorzystania genotypów tych genów w zależności od długości życia.

Teraz naukowcy wykorzystali zbiór danych populacyjnych, obejmujący 57 933 Islandczyków poddanych sekwencjonowaniu całego genomu, aby ocenić odsetek osób noszących genotypy, które można zastosować. Mówiąc dokładniej, ocenili częstość występowania wariantów kodujących i splicingowych w genach na podstawie wyników wtórnych ACMG, wersja 3.0 (ACMG SF v3.0).

Autorzy piszą, że „przypisali patogeniczność wszystkim recenzowanym wariantom, korzystając z dowodów zgłoszonych w bazie danych ClinVar, częstotliwości występowania wariantów i ich powiązań z chorobą, aby stworzyć ręcznie wybrany zestaw genotypów (wariantów) możliwych do podjęcia działań”. Ocenili związek między tymi genotypami a długością życia i dokładniej zbadali konkretne przyczyny zgonów wśród nosicieli.

Korzystając z listy 73 genów, które można wykorzystać, zawartej w wytycznych ACMG, naukowcy odkryli, że 4% Islandczyków ma genotyp umożliwiający działanie w jednym lub większej liczbie z tych genów. Choroby wywoływane przez te genotypy obejmują choroby układu krążenia, nowotwory i choroby metaboliczne.

Największy efekt zaobserwowano wśród nosicieli genotypów predysponujących do raka, u których mediana przeżycia była o trzy lata krótsza w porównaniu z osobami niebędącymi nosicielami. Patogenny wariant BRCA2, predysponujący do raka piersi, jajnika i trzustki, skracał życie o siedem lat, a wariant LDLR, powodujący wysoki poziom cholesterolu i choroby układu krążenia, skracał życie o sześć lat. „Nasze wyniki sugerują, że zidentyfikowane w naszym badaniu genotypy, które mogą powodować poważne choroby, mogą mieć drastyczny wpływ na długość życia” – powiedział Patrick Sulem, lekarz medycyny, kierownik ds. sekwencjonowania klinicznego w deCODE Genetics.

Wyniki wykazały, że prawdopodobieństwo śmierci z powodu choroby wywoływanej przez te genotypy było większe w przypadku nosicieli określonych genotypów, które można podjąć. U osób z patogennym wariantem BRCA2 ryzyko śmierci z powodu raka piersi, jajnika lub trzustki jest siedmiokrotne. Co więcej, są one 3,5 razy bardziej narażone na rozwój raka prostaty i 7 razy większe ryzyko śmierci z powodu raka prostaty niż osoby niebędące nosicielami tego wariantu.

Naukowcy ustalili, że 1 na 25 osób ma genotyp nadający się do wykorzystania i przeciętnie żyje krócej. „Identyfikacja i ujawnienie uczestnikom możliwych do wykorzystania genotypów może pomóc w podejmowaniu decyzji klinicznych, co może skutkować poprawą wyników leczenia pacjentów. Wiedza ta ma zatem znaczny potencjał w zakresie zmniejszania obciążenia chorobami poszczególnych osób i społeczeństwa jako całości” – powiedziała Kari Stefansson, lekarz medycyny, dyrektor generalny deCODE Genetics.

Wyniki tego badania stanowią jeden z dowodów, który zmotywował rząd Islandii do ogłoszenia ogólnokrajowych wysiłków w zakresie medycyny precyzyjnej. Ponieważ świadczenie społeczeństwu medycyny precyzyjnej wymaga znacznych ilości danych dotyczących genomiki, transkryptomiki i proteomiki populacji, Islandczycy obecnie wyjątkowo dobrze nadają się do tego wysiłku, ponieważ dysponują bezprecedensową ilością takich danych.