NOWY JORK – Pomimo niewielkich rozmiarów, urzędnicy w Singapurze uważają, że kraj wyspiarski może mieć ogromny wpływ na medycynę precyzyjną na całym świecie.

Singapur jest w trakcie piątego roku trwającego dekadę programu National Precision Medicine (NPM), uruchomionego w 2017 r. w celu wygenerowania sekwencji całego genomu około 1 miliona Singapurczyków, pilotażowych zastosowań klinicznych medycyny precyzyjnej i ostatecznie zintegrowania opłacalnych programów z rutynowa opieka kliniczna poprawiająca stan zdrowia.

Wyspa jest domem dla ludzi z różnych grup etnicznych, którzy są często pomijani w istniejących badaniach medycyny precyzyjnej. Jednym z celów tego kraju w ramach programu jest identyfikacja wariantów genetycznych specyficznych dla osób o azjatyckich przodkach i wykorzystanie spostrzeżeń do dostosowania opieki do własnych mieszkańców oraz eksportowania specjalistycznej wiedzy z zakresu medycyny precyzyjnej „made in Singapur” do innych krajów. Może to obejmować testy i zasoby adnotacji oparte na wariantach związanych z chorobą odkrytych w ramach programu.

Co więcej, ponieważ badania genetyczne w przeszłości często pomijały pacjentów rasy innej niż biała, grupy te zwykle otrzymują wyniki testów genetycznych z niejasnymi wynikami z powodu wariantów o niepewnym lub nieznanym znaczeniu. Projekt singapurski ma na celu definitywną klasyfikację takich wariantów zgłaszanych obecnie przez testy u pacjentów pochodzenia azjatyckiego, powiedział Tai Shyong, dyrektor medyczny Precision Health Research w Singapurze lub PRECISE, organizacji utworzonej w ramach Ministerstwa Zdrowia Singapuru w celu wdrożenia Fazy II trójfazowy program NPM.

„Jedna z głównych rzeczy, które wniesiemy do literatury międzynarodowej, wynika z faktu, że Singapur jest w dużej mierze populacją imigrantów” – zauważył Shyong. W populacji Singapuru liczącej 5,5 miliona około 74,2 procent to Chińczycy, 13,7 procent to Malajowie, a 8,9 procent to Hindusi, zgodnie z artykułem opisującym strategię Singapuru NPM, który został opublikowany w Genetyka przyrody wcześniej w tym roku. W kraju żyją również inne mniejszości etniczne, w tym społeczności eurazjatyckie i peranakańskie.

W szczególności rdzenna populacja Malajów jest „prawie niereprezentowana w dużych zbiorach danych”, które są obecnie używane, powiedział Shyong. Dlatego też celem projektu PRECISE było zarejestrowanie 20 procent uczestników o pochodzeniu malajskim, kolejnych 20 procent o pochodzeniu indyjskim, a pozostałe 60 procent o chińskim pochodzeniu.

Testy sekwencjonowania całego genomu na tych uczestnikach mogą pomóc naukowcom zidentyfikować, które warianty są powszechne u zdrowych Azjatów, nawet jeśli są rzadkie w innych grupach etnicznych. Takie spostrzeżenia mogą rozwiązać obecne wąskie gardła w interpretacji wariantów, które ograniczają użyteczność testów genetycznych dla pacjentów z Azji.

„Identyfikacja wariantów specyficznych dla danej grupy etnicznej może poprawić dokładność testów genetycznych i diagnozy” — mówi Eleanor Wong, pierwsza autorka Genetyka przyrody papier i kierownik programu w Instytucie Genomu Agencji ds. Nauki, Technologii i Badań (A * STAR) w Singapurze, powiedzieli w e-mailu. To, że trzy główne grupy etniczne współistnieją na stosunkowo niewielkim obszarze geograficznym, czyni Singapur „idealnym miejscem do badań genetycznych, których celem jest zrozumienie różnorodności genetycznej populacji azjatyckich” – dodała.

Już w analizie około 10 000 zdrowych Singapurczyków, których geny zostały zsekwencjonowane w fazie I programu i włączone do Genetyka przyrody W artykule badacze zidentyfikowali miliony wariantów genetycznych, których wcześniej nie wykryto w badaniach pacjentów z Zachodu.

W tej początkowej fazie programu NPM badacze stworzyli referencyjną bazę danych genomu na podstawie analizy 10 000 Singapurczyków, nazwaną SG10K_Health, obejmującą 58,4 procent chińskich uczestników, 21,8 procent indyjskich uczestników i 19,5 procent malajskich uczestników. Oddzielne badanie opublikowane w Komunikacja natury w zeszłym roku i na podstawie zestawu danych SG10K_Health odkryli, że szacunkowo 27 procent genów związanych z ciężkimi zaburzeniami recesywnymi i ze znaczną częstotliwością nosicielstwa u osób pochodzenia azjatyckiego jest pomijanych przez standardowe panele przesiewowe nosicieli.

Istnieją już plany dotyczące programu NPM, aby zastosować wyniki tych badań do stworzenia paneli przesiewowych przewoźników dostosowanych do populacji azjatyckich, powiedziała Wong, chociaż odmówiła podania szczegółów w tym czasie.

Shyong, starszy konsultant w oddziale endokrynologii Narodowego Szpitala Uniwersyteckiego i profesor w Saw Swee Hock School of Public Health na National University of Singapore, prowadzi trwający pilotażowy program wdrażania klinicznego w ramach fazy II programu NPM. W tej części projektu badacze wygenerują dane dotyczące 100 000 Singapurczyków i wdrożą pilotażowe wdrożenia kliniczne w kilku publicznych organizacjach opieki zdrowotnej w kraju.

Jak dotąd istnieje pięć zatwierdzonych projektów pilotażowych, które koncentrują się na farmakogenomice, rodzinnej hipercholesterolemii, nowotworach dziedzicznych, raku piersi i pierwotnej kłębuszkowej chorobie nerek. Trzecia i ostatnia faza programu NPM, która ma rozpocząć się w 2025 r., będzie miała na celu sekwencjonowanie genomów 1 miliona osób, uwzględnienie danych społecznych i środowiskowych oraz wdrożenie udanych zastosowań klinicznych z pilotażowych faz II w rutynowej opiece zdrowotnej.

Oczekuje się, że w ramach badań fazy II badacze będą również ściśle współpracować z osobami opracowującymi bazę danych zawierającą 100 000 genomów, aby pomóc w reklasyfikacji wariantów o nieznanym znaczeniu.

„Istnieje możliwość odkrywania nowych rzeczy, patrząc na populacje z tej części świata… i pomagania ludziom” – powiedział Shyong.