Nauka i technika

Naukowcy identyfikują geny i typy komórek, które mogą odgrywać rolę przyczynową w powstawaniu pierwotnej jaskry otwartego kąta

  • 16 lutego, 2024
  • 8 min read
Naukowcy identyfikują geny i typy komórek, które mogą odgrywać rolę przyczynową w powstawaniu pierwotnej jaskry otwartego kąta


Ten artykuł został zrecenzowany zgodnie z procesem redakcyjnym i polityką Science X. Redaktorzy podkreślili następujące atrybuty, zapewniając jednocześnie wiarygodność treści:

sprawdzone fakty

zaufane źródło

czytać korektę


Przebieg analizy od POAG i IOP GWAS do przyczynowych mechanizmów regulacyjnych, genów, szlaków i typów komórek. A Zbadano asocjacje POAG i IOP w całym genomie (znane i skromne asocjacje) pod kątem wzbogacenia loci cech ilościowych w zakresie ekspresji i splicingu (e/sQTL) w tkankach GTEx i siatkówce w porównaniu z permutowanymi zerowymi zestawami wariantów dopasowanymi na podstawie czynników zakłócających, przy użyciu QTLenrich (jednostronny). W przypadkach, w których stwierdzono wzbogacenie, dolną granicę liczby e/sQTL w danej tkance, która prawdopodobnie będzie prawdziwym powiązaniem cech, oszacowano przy użyciu empirycznie wyprowadzonego, prawdziwie dodatniego współczynnika ((π1)({\pi }_{1} ) zbliżać się. B Domniemanym genom przyczynowym nadano priorytet w oparciu o znane locus badania asocjacyjnego całego genomu POAG i IOP (GWAS), stosując dwie metody kolokalizacji (eCAVIAR, zał) do wszystkich e/sQTL z 49 tkanek GTEx i eQTL siatkówki, które nakładały się na każde locus, a następnie przeprowadzono randomizację mendlowską (MR) w dwóch próbkach. Nakładanie się kolokalizujących loci GWAS i e/sQTL z Hi-C (przechwytywanie konformacji chromosomu 3D), cisDo dalszego ustalania priorytetów genów przyczynowych wykorzystano regiony elementu regulatorowego (CRE) i superwzmacniacza (SE) z ludzkiej siatkówki. Obrazy ludzi i oczu zostały utworzone za pomocą BioRender.com. C Wszystkie geny docelowe znacząco kolokalizujące e/sQTL (e/sGenes) lub geny specyficzne dla typu komórki na cechę przetestowano pod kątem wzbogacenia w szlaki sygnalizacyjne i metaboliczne (Reactome, KEGG), ontologie genów i ontologie fenotypu myszy przy użyciu GeneEnrich (jednostronny). Metaanaliza GWAS dotycząca różnych przodków POAG wygenerowała wykres Manhattan za pomocą QMplot ( D Znacząco kolokalizujące e/sGenes testowano pod kątem wzbogacenia w określone typy komórek w danych dotyczących sekwencji RNA pojedynczego jądra tkanek oka istotnych dla jaskry, przy użyciu jednostronnego narzędzia ECLIPSER. Zdefiniowano geny specyficzne dla typu komórek z krotnością zmiany typu komórki > 1,3 i FDR < 0,1 na tkankę. Znaczenie specyficzności typu komórki na zestaw locus GWAS dla danej cechy oceniano w porównaniu z rozkładem zerowym loci powiązanych z niepowiązanymi cechami innymi niż oczne, stosując dokładny test Bayesa Fishera. Geny zmapowane na loci GWAS z wynikiem specyficzności typu komórki powyżej 95tZaproponowano, że -percentyl punktów zerowych locus przyczynia się do cechy we wzbogaconym typie komórek. mi Wzbogacanie typów komórek w przypadku POAG i IOP GWAS potwierdzono przy użyciu dwóch metod opartych na regresji, które oceniają specyficzność typu komórkowego w zakresie powiązań cech, biorąc pod uwagę wszystkie powiązania w całym genomie: regresja stratyfikacji LD (S-LDSC) i MAGMA. Kredyt: Komunikacja przyrodnicza (2024). DOI: 10.1038/s41467-023-44380-y

× zamknąć


Przebieg analizy od POAG i IOP GWAS do przyczynowych mechanizmów regulacyjnych, genów, szlaków i typów komórek. A Zbadano asocjacje POAG i IOP w całym genomie (znane i skromne asocjacje) pod kątem wzbogacenia loci cech ilościowych w zakresie ekspresji i splicingu (e/sQTL) w tkankach GTEx i siatkówce w porównaniu z permutowanymi zerowymi zestawami wariantów dopasowanymi na podstawie czynników zakłócających, przy użyciu QTLenrich (jednostronny). W przypadkach, w których stwierdzono wzbogacenie, dolną granicę liczby e/sQTL w danej tkance, która prawdopodobnie będzie prawdziwym powiązaniem cech, oszacowano przy użyciu empirycznie wyprowadzonego, prawdziwie dodatniego współczynnika ((π1)({\pi }_{1} ) zbliżać się. B Domniemanym genom przyczynowym nadano priorytet w oparciu o znane locus badania asocjacyjnego całego genomu POAG i IOP (GWAS), stosując dwie metody kolokalizacji (eCAVIAR, zał) do wszystkich e/sQTL z 49 tkanek GTEx i eQTL siatkówki, które nakładały się na każde locus, a następnie przeprowadzono randomizację mendlowską (MR) w dwóch próbkach. Nakładanie się kolokalizujących loci GWAS i e/sQTL z Hi-C (przechwytywanie konformacji chromosomu 3D), cisDo dalszego ustalania priorytetów genów przyczynowych wykorzystano regiony elementu regulatorowego (CRE) i superwzmacniacza (SE) z ludzkiej siatkówki. Obrazy ludzi i oczu zostały utworzone za pomocą BioRender.com. C Wszystkie geny docelowe znacząco kolokalizujące e/sQTL (e/sGenes) lub geny specyficzne dla typu komórki na cechę przetestowano pod kątem wzbogacenia w szlaki sygnalizacyjne i metaboliczne (Reactome, KEGG), ontologie genów i ontologie fenotypu myszy przy użyciu GeneEnrich (jednostronny). Metaanaliza GWAS dotycząca różnych przodków POAG wygenerowała wykres Manhattan za pomocą QMplot ( D Znacząco kolokalizujące e/sGenes testowano pod kątem wzbogacenia w określone typy komórek w danych dotyczących sekwencji RNA pojedynczego jądra tkanek oka istotnych dla jaskry, przy użyciu jednostronnego narzędzia ECLIPSER. Zdefiniowano geny specyficzne dla typu komórek z krotnością zmiany typu komórki > 1,3 i FDR < 0,1 na tkankę. Znaczenie specyficzności typu komórki na zestaw locus GWAS dla danej cechy oceniano w porównaniu z rozkładem zerowym loci powiązanych z niepowiązanymi cechami innymi niż oczne, stosując dokładny test Bayesa Fishera. Geny zmapowane na loci GWAS z wynikiem specyficzności typu komórki powyżej 95tZaproponowano, że -percentyl punktów zerowych locus przyczynia się do cechy we wzbogaconym typie komórek. mi Wzbogacanie typów komórek w przypadku POAG i IOP GWAS potwierdzono przy użyciu dwóch metod opartych na regresji, które oceniają specyficzność typu komórkowego w zakresie powiązań cech, biorąc pod uwagę wszystkie powiązania w całym genomie: regresja stratyfikacji LD (S-LDSC) i MAGMA. Kredyt: Komunikacja przyrodnicza (2024). DOI: 10.1038/s41467-023-44380-y

Chociaż pierwotna jaskra otwartego kąta (POAG) jest główną przyczyną ślepoty u osób w wieku powyżej 55 lat, nadal nie ma leku na tę chorobę, a jej mechanizmy biologiczne nie są dobrze poznane. Podwyższone ciśnienie wewnątrzgałkowe (IOP) jest głównym czynnikiem ryzyka tej choroby, ale wielu pacjentów z jaskrą ma normalne ciśnienie w oku i nadal traci wzrok.

W nowym badaniu opublikowanym w zeszłym miesiącu w Komunikacja przyrodniczabadacze z Mass Eye and Ear, kierowani przez dr Ayellet Segrè, przeprowadzili kompleksowe badanie, w którym połączono odkrycia genetyczne z metaanalizy dużego badania asocjacyjnego obejmującego cały genom obejmującego różne pochodzenie, prowadzonego przez dr Janey Wiggs, Doktorat oraz obszerna metaanaliza IOP obejmująca badania regulacji genetycznej i pomiary ekspresji pojedynczych komórek w tkankach oka istotnych dla jaskry.

W ten sposób odkryli kluczowe geny, procesy biologiczne i typy komórek, które mogą wpływać na patogenezę POAG w sposób zależny i niezależny od IOP.

Korzystając z analiz integracyjnych, zidentyfikowali setki genów i efektów regulacyjnych leżących u podstaw ponad 100 loci związanych z POAG i/lub IOP, które mogą przyczyniać się do ryzyka jaskry poprzez zmianę poziomów ekspresji genów. Geny te są wzbogacone w szlaki biologiczne związane z mechanizmami chorobowymi, w tym tworzeniem włókien elastycznych i organizacją macierzy zewnątrzkomórkowej, rozwojem naczyń i procesami związanymi z neuronami.

Ponadto, wykorzystując dane dotyczące ekspresji genów w pojedynczym jądrze ze szlaków odpływu cieczy wodnistej, siatkówki, głowy nerwu wzrokowego i otaczających go tkanek tylnych, w ramach atlasu komórkowego całego oka prowadzonego przez dr Josha Sanesa. z Wydziału Biologii Molekularnej i Komórkowej Uniwersytetu Harvarda naukowcy zidentyfikowali znane i mniej znane typy komórek, w których rozregulowanie genów może wpływać na zwyrodnienie nerwu wzrokowego.

Obejmowało to fibroblasty w konwencjonalnych i niekonwencjonalnych drogach odpływu, astrocyty w siatkówce i głowie nerwu wzrokowego, oligodendrocyty i komórki naczyniowe w głowie nerwu wzrokowego oraz fibroblasty w otaczającym obszarze głowy nerwu wzrokowego.

Ścieżki zidentyfikowane w ich analizie mogą wpływać na różne struktury oka, wskazując na liczne potencjalne mechanizmy, które mogą wchodzić w interakcje z różnymi genami i typami komórek, które mogą przyczyniać się do POAG. Odkrycia te dostarczają nowych informacji na temat ekspresji genów i potranskrypcyjnej regulacji genów, które mogą ulepszyć projektowanie leków na jaskrę.

„Nasza praca dostarczyła nowych informacji na temat mechanizmów POAG, które mogą pomóc w opracowaniu nowych terapii ukierunkowanych na redukcję ciśnienia wewnątrzgałkowego i neuroprotekcję” – stwierdził Segrè.

„Na przykład to badanie sugeruje, że przy projektowaniu nowych leków i terapii komórkowych ważne może być uwzględnienie ukierunkowania na neuronalne komórki pomocnicze, oprócz komórek zwojowych siatkówki. Dzięki naszym ciągłym pracom mającym na celu wykrycie genetycznej regulacji ekspresji genów w jaskrze- mamy nadzieję, że w przyszłości pozwoli to na pełniejsze zrozumienie ryzyka POAG i zmienności IOP.”

Więcej informacji:
Andrew R. Hamel i wsp., Integracja regulacji genetycznej i ekspresji pojedynczych komórek z GWAS nadaje priorytet genom przyczynowym i typom komórek jaskry, Komunikacja przyrodnicza (2024). DOI: 10.1038/s41467-023-44380-y


Źródło

Warto przeczytać!  Lekarze zwracają się do profilowania molekularnego, aby podejmować decyzje dotyczące leczenia raka endometrium