Nauka i technika

Naukowcy publikują zbiór genomów bez przerw dla morświna bez płetw z Azji Wschodniej

  • 12 stycznia, 2023
  • 4 min read
Naukowcy publikują zbiór genomów bez przerw dla morświna bez płetw z Azji Wschodniej


Naukowcy publikują zbiór genomów bez przerw dla morświna bez płetw z Azji Wschodniej

Wynikiem adnotacji funkcji genów jest statystyczny diagram Venna przy użyciu pięciu publicznych baz danych: NR, InterPro, KEGG, SwissProt i KOG. Kredyt: Dane naukowe (2022). DOI: 10.1038/s41597-022-01868-4

Morświn bezpłetwy z Azji Wschodniej (Neophocaena asiaeorientalis sunameri) to mały słodkowodny gatunek waleni. Gatunek ten to grupa małych zębowców, które występują głównie w południowej i wschodniej Azji. Ich rozmieszczenie obejmuje wody przybrzeżne zachodniego Pacyfiku, Oceanu Indyjskiego, Morza Japońskiego, a także pojawiają się w Morzu Bohai, Morzu Żółtym, Morzu Wschodniochińskim, Morzu Południowochińskim oraz w środkowym i dolnym biegu rzeki Jangcy w języku chińskim fale. Wcześniejsze badania wykazały, że zróżnicowanie genetyczne między morświnem bezpłetwym Jangcy (N. a. asiaeorientalis) a morświnem bezpłetwym z Azji Wschodniej osiągnęło poziom międzygatunkowy.

W tym badaniu, opublikowanym w czasopiśmie Dane naukowenaukowcy z BGI Genomics pomogli w stworzeniu kompletnego zestawu genomu wschodnioazjatyckiego morświna bez płetw, aby zapewnić nowe zasoby do porównawczej genomiki waleni i biologii ochrony zagrożonych gatunków.

Zestaw genomu bez przerw oznacza, że ​​cały genom został złożony razem bez żadnych przerw lub brakujących sekcji. Wygenerowanie kompletnego zestawu genomu jest znaczącym osiągnięciem, ponieważ pozwala na dokładniejsze zrozumienie genetyki organizmu i może zapewnić wgląd w jego historię ewolucyjną.

Naukowcom udało się wygenerować pozbawiony przerw zbiór genomu morświna bez płetw, co jest znaczącym osiągnięciem. Ma około 2,5 Gb wielkości na 21 autosomach i dwóch chromosomach płciowych. Przewidywano łącznie 22 814 genów kodujących białka, z których 97,31% zostało opisanych funkcjonalnie, co oznacza, że ​​95,3% genomu zostało złożone w ciągłe odcinki bez żadnych przerw.

Zespół genomu ma również rusztowanie N50 o wielkości 1,2 Mb, co jest miarą wielkości największych ciągłych odcinków genomu. Większe rusztowanie N50 wskazuje na wyższą jakość rekonstrukcji sekwencji całego genomu DNA. Naukowcy zidentyfikowali również ogromną liczbę genów kodujących białka w zestawie genomu.

Oprócz wygenerowania zestawu genomu naukowcy przeprowadzili również różne analizy, aby zbadać historię ewolucji morświna bezpłetwego i jego adaptację do środowiska wodnego. Odkryli, że ten uroczy waleń ma przystosowania genetyczne, które są prawdopodobnie ważne dla jego przetrwania w siedliskach słodkowodnych, w tym geny zaangażowane w osmoregulację (regulacja równowagi wodno-elektrolitowej w organizmie) i detoksykację.

Naukowcy zidentyfikowali również szereg genów odpowiedzialnych za słuch, węch i odporność, które są unikalne dla morświnów bez płetw.

Ogólnie rzecz biorąc, badanie to stanowi ważny krok naprzód w naszym zrozumieniu wschodnioazjatyckiego morświna bezpłetwego i jego genetyki. Kompletne składanie genomu i identyfikacja unikalnych genów prawdopodobnie dostarczy cennych zasobów dla przyszłych badań nad tym gatunkiem i jego ewolucyjną historią.

W przyszłości badania te mogą pomóc nam lepiej zrozumieć i chronić to zwierzę, które w swoim naturalnym środowisku jest narażone na liczne zagrożenia. Może być również przydatny do badań porównawczych z innymi gatunkami waleni oraz do zrozumienia ewolucyjnej historii waleni jako całości.

Więcej informacji:
Denghua Yin i wsp., Bezpłetwy montaż genomu wschodnioazjatyckiego morświna bez płetw, Dane naukowe (2022). DOI: 10.1038/s41597-022-01868-4

Cytat: Naukowcy publikują zbiór genomów bez przerw dla morświna bez płetw z Azji Wschodniej (2023, 12 stycznia), pobrano 12 stycznia 2023 z

Niniejszy dokument podlega prawu autorskiemu. Poza wszelkimi uczciwymi transakcjami do celów prywatnych studiów lub badań, żadna część nie może być powielana bez pisemnej zgody. Ta zawartość jest w jedynie w celach informacyjnych.




Źródło

Warto przeczytać!  Ujawniono wpływ ojca Maxa Verstappena i Fernando Alonso