Niedawno przeprowadzone duże badanie kohortowe, przeprowadzone wspólnie przez naukowców z BGI Genomics i Nanjing Women and Children’s Healthcare Hospital, objęło wdrożenie opracowanej przez naukowców strategii badań prenatalnych, która ma na celu skuteczną identyfikację i klasyfikację 128 prawdziwie dodatnich zmienności liczby kopii egzonów (CNV) w genie dystrofii mięśniowej Duchenne’a (DMD) przy użyciu danych z nieinwazyjnego badania prenatalnego (NIPT).

Dzięki opisaniu 33 różnych patogennych lub prawdopodobnie patogennych CNV u matek w genie DMD, badanie to wypełnia istotną lukę informacyjną dotyczącą częstości i spektrum nosicieli CNV u matek w populacji chińskiej.

Badanie opublikowano w czasopiśmie Medycyna kliniczna i translacyjna.

Naukowcy ponownie przeanalizowali 135 047 próbek NIPT pobranych ze Szpitala Dziecięcego i Kobiet w Nankinie oraz Szpitala Miejskiego w Suzhou w okresie od stycznia 2017 r. do grudnia 2021 r. Zidentyfikowali łącznie 224 matczyne CNV w genie DMD, z czego 128 potwierdzono jako prawdziwie dodatnie egzonowe CNV.

Spośród nich 48 miało doprecyzowane konkretne eksony, a pięć dużych patogennych lub prawdopodobnie patogennych CNV potwierdzono za pomocą analizy mikromacierzy chromosomowych (CMA).

Patogenne i nawracające CNV zlokalizowane

Spośród 128 prawdziwie dodatnich CNV, 64 sklasyfikowano jako patogenne lub prawdopodobnie patogenne, 40 jako warianty o niepewnym znaczeniu (VUS), a 24 jako prawdopodobnie łagodne. Co znamienne, 33 patogenne lub prawdopodobnie patogenne CNV znaleziono w genie DMD, przy czym niektóre pojawiały się wielokrotnie w określonych eksonach.

Ponadto 12 z 33 unikalnych patogennych CNV było nawracających, najczęściej znajdowanych w eksonach 48–51, następnie w eksonach 51–52, eksonach 45–55 i eksonach 49–51. Wykorzystując dane z Leiden Open Variation Database, naukowcy byli w stanie przewidzieć potencjalne fenotypy tych CNV.

Usunięcie genu utrudnia rozwój

Badanie obejmowało również obserwację 7 z 11 męskich potomków w wieku od 8 miesięcy do 5 lat, aby zbadać ich poziom kinazy kreatynowej (CK) w surowicy i potencjalne schorzenia genetyczne. Podwyższony poziom CK stwierdzono u 71,43% tych chłopców, co wskazuje na możliwe problemy z mięśniami.

Typowa delecja poza ramką w eksonach 48–50 genu DMD została odkryta w jednym przypadku. Pomimo zdrowego wyglądu w wieku jednego roku, syn miał znacząco wysoki poziom CK (12 416,8 U/l), co sugeruje potencjalną diagnozę dystrofii mięśniowej Duchenne’a (DMD).

Inny przypadek dotyczył rzadkiej delecji poza ramką w eksonach 2-9. W wieku dwóch i pół roku chłopiec wykazywał normalne umiejętności motoryczne i poziomy CK (125,4 U/l), ale opóźniony rozwój mowy i drobne problemy behawioralne. Ta delecja jest powiązana z zaburzeniami neurorozwojowymi, a nie z DMD, jak wcześniej zaobserwowano u bliźniąt jednojajowych o podobnych profilach genetycznych.

Globalne znaczenie wyznaczające kierunek przyszłych badań

Naukowcy odnotowali częstotliwości występowania wariantów genu DMD w różnych populacjach, w tym w Belgii (1/2612), Stanach Zjednoczonych (1/717) i Izraelu (1/1046), co podkreśla globalne znaczenie tych badań genetycznych. Badanie to podkreśla potrzebę dalszych badań i długoterminowego monitorowania w celu zrozumienia pełnego wpływu tych delecji genetycznych.

Wykorzystując istniejące dane NIPT, badania wprowadzają opłacalną metodę prenatalnego badania przesiewowego CNV w genie DMD, rozszerzając praktyczne zastosowania NIPT bez konieczności dodatkowych inwestycji.

Dostarczone przez BGI Genomics