Na początku lipca tego roku, aby skrócić czas realizacji testów na obecność wirusa Zika, gdy próbki zostały wysłane do Narodowego Instytutu Wirusologii (NIV) w Pune, Pune Municipal Corporation rozważało wysłanie próbek do BJ Medical College w Pune, instytucji rządowej stanu. Chociaż próbki ostatecznie nie zostały wysłane do BJ Medical College, ponieważ NIV zwiększyło liczbę testów, czy rządowa uczelnia medyczna miała zestawy testowe niezbędne do przeprowadzenia testów na obecność wirusa Zika? Według wiarygodnych źródeł BJ Medical College musiałoby polegać na NIV w zakresie testów potrzebnych do testów na obecność wirusa Zika.

Brak dokładnych zestawów testowych i testów niezbędnych do testowania wirusa Zika nie jest problemem specyficznym dla BJ Medical College; boryka się z nim większość laboratoriów krajowych i rządowych uczelni medycznych w całych Indiach. Powód: od 16 lutego 2023 r. indyjski regulator ds. leków (CDSCO) nie zatwierdził żadnego zestawu testowego do testowania wirusa Zika, zgodnie z odpowiedzią regulatora ds. leków na wniosek o udostępnienie informacji (RTI). Oznaczałoby to, że nawet NIV nie używa zestawu testowego opracowanego w Indiach i zatwierdzonego przez regulatora ds. leków do testowania wirusa Zika.

Jakiego zestawu testowego używa NIV do testowania próbek wirusa Zika? Pierwszy przypadek wirusa Zika wykryty w listopadzie 2016 r. u kobiety w ciąży w Ahmadabadzie, a następnie ponownie w lutym 2017 r., został wykryty przez NIV przy użyciu zestawu CDC Trioplex RT-PCR dostarczonego przez CDC z siedzibą w Atlancie. NIV używa zestawów testowych CDC Trioplex RT-PCR do wykrywania wirusa Zika i polega na CDC w zakresie dostarczania zestawów od czasu zgłoszenia pierwszego przypadku w Indiach w listopadzie 2016 r., zgodnie z raportami opublikowanymi w czasopismach przez badaczy NIV.

Na przykład test Trioplex RT-PCR dostarczony przez CDC został użyty do potwierdzenia wybuchu epidemii Zika w Radżastanie w 2018 r., do potwierdzenia pierwszego przypadku w Uttar Pradesh w 2021 r., pierwszego wybuchu epidemii Zika w Kerali w 2021 r. u kobiety w ciąży i retrospektywnie w 13 próbkach, a także do potwierdzenia krążenia wirusa Zika w kilku stanach w 2021 r. W kilku artykułach opublikowanych w czasopismach autorzy z NIV docenili i podziękowali CDC za dostarczenie zestawów Trioplex RT-PCR do testowania Zika.

Zestaw Trioplex RT-PCR do testowania wirusa Zika został opracowany przez CDC i uzyskał zezwolenie na stosowanie w nagłych wypadkach od amerykańskiej FDA. Test CDC Trioplex RT-PCR może wykryć wirusy denga, chikungunya i Zika. Wirusy te często reagują krzyżowo, co utrudnia dokładną diagnozę. Test CDC Trioplex RT-PCR został opracowany specjalnie w celu rozwiązania tego problemu.

Oprócz korzystania z zestawów opracowanych przez CDC do testowania wirusa Zika, NIV dostarcza zestawy testowe CDC do stanów zgłaszających ogniska choroby. W 2021 r. NIV dostarczył 2100 takich zestawów testowych do rządowych uczelni medycznych w Kerali. Jeszcze w lipcu 2024 r. AIIMS Rajkot, który został uznany za placówkę do badań przesiewowych wirusa Zika, musiał polegać na NIV, aby zestawy testowe CDC Trioplex RT-PCR mogły rozpocząć testowanie.

W przeciwieństwie do amerykańskiej FDA, która zatwierdza testy diagnostyczne oparte na syntetycznych fragmentach genomicznych, jak w przypadku testów COVID-19 i testu CDC Trioplex RT-PCR, indyjski regulator leków nalega na walidację przy użyciu próbek klinicznych. Nacisk na próbki kliniczne znacznie utrudnił rozwój testów diagnostycznych, zwłaszcza że wszystkie nowe lub niebezpieczne próbki wirusa muszą być koniecznie wysyłane do NIV w celu przeprowadzenia testów, pozbawiając tym samym inne laboratoria dostępu do próbek klinicznych. Tak było również we wczesnych miesiącach pandemii. W przypadku braku szerokiej dostępności testów na Zika, terminowe wykrywanie i kontrola ognisk choroby stają się problemem.

„Konwencjonalna metoda RT-PCR pozwala bardzo dobrze wykryć wirusa Zika i można ją stosować [for testing]. Preferowany jest RT-PCR w czasie rzeczywistym, jeśli jest dostępny, ponieważ jest szybszy i bardziej czuły. Ponadto, bardzo małe prawdopodobieństwo skażenia PCR i wyników fałszywie negatywnych, mówi dr Sreekumar, dyrektor Institute of Advanced Virology, Thiruvananthapuram.

W przeciwieństwie do NIV, Instytut Zaawansowanej Wirusologii (IAV) w Thiruvananthapuram dzięki wspólnym wysiłkom opracował wewnętrzny test do testowania wirusa Zika i zatwierdził test przy użyciu wielu metod. Instytut Zaawansowanej Wirusologii uzyskał dostęp do 18 próbek Zika podczas mniejszej epidemii Zika w strefie przybrzeżnej Thiruvananthapuram w styczniu 2022 r. Ponadto, podczas badania epidemii dengi w dystrykcie Kollam, instytut wykrył przypadki dodatnie w PCR i dodatnie w IgM w przypadku Zika. „Wykorzystaliśmy dane sekwencyjne użyte w teście Trioplex RT-PCR CDC i udostępnione publicznie przez CDC, aby opracować test wewnętrznie. Zatwierdziliśmy go przy użyciu próbek dodatnich w kierunku Zika z epidemii w 2022 r., a także przy użyciu dostępnych w handlu zestawów testowych”, mówi dr Sreekumar, dyrektor IAV. Dodatkową walidację przeprowadzono poprzez sekwencjonowanie genomu próbek dodatnich w kierunku Zika. Chociaż walidacja została ukończona po roku, instytut kontynuował walidację wyników za pomocą komercyjnych zestawów testowych jeszcze przez około sześć miesięcy.

Ponieważ test został opracowany wewnętrznie, jest tańszy. „Ponieważ testy są tańsze, można ich używać do nadzoru, zarówno u ludzi, jak i u komarów, oprócz testowania próbek pacjentów” — mówi dr Vinod Scaria, starszy konsultant w Vishwanath Cancer Care Foundation. Chociaż nie do nadzoru, Institute of Advanced Virology już wykorzystuje zdolność opracowanego wewnętrznie testu do dokładnego wykrywania dengi, chikungunya i Zika poprzez podejście syndromiczne, mówi dr Sreekumar. W podejściu syndromicznym wszystkie próbki od pacjentów z objawami obserwowanymi w zakażeniu dengą, chikungunya i Zika są rutynowo testowane przy użyciu wewnętrznego testu.

Gdy nowe mutacje, które pojawiają się w wirusach, znajdują się w miejscach wiązania primerów, skuteczność testów może zostać zagrożona. Tak było w przypadku podlinii Omicron BA.2, która nie ma odpadu genu S w przeciwieństwie do BA.1 i w związku z tym uniknęła identyfikacji podczas wykonywania RT-PCR. Podobnie mutacja w miejscu wiązania primerów kladu mpox 1b doprowadziła do spadku czułości testów RT-PCR. „To jest powód, dla którego sekwencje genomu powinny być udostępniane publicznie bardzo szybko po każdym wybuchu epidemii, aby można było szybko opracować odpowiednie testy” — mówi dr Scaria.