NOWY JORK – Po pół dekadzie dominacji jednej firmy scena oprzyrządowania do sekwencjonowania znów ożywa.

Do połowy tego roku aż sześć firm może oferować instrumenty do sekwencjonowania z krótkim odczytem. Startupy Element Biosciences, Singular Genomics Systems i Ultima Genomics uruchomiły nowe platformy sekwencjonowania przez syntezę w 2022 r., z różnymi terminami komercjalizacji. Ze swojej strony chińska firma MGI Tech znalazła sposób na ominięcie prawnej blokady Illuminy i ponownie uruchamia swoje sekwencery w Stanach Zjednoczonych i Europie. A długoletnia blokada sekwencjonowania, Pacific Biosciences, spróbuje opracować swoją krótką grę z nowym podejściem opartym na powiązaniach i planuje uruchomić nową platformę w pierwszej połowie 2023 roku.

Aby nie zostać przyćmionym, Illumina ogłosiła przeprojektowaną chemię sekwencjonowania i nowe instrumenty, które powinny zapewnić bardzo zapowiadany ludzki genom za 100 dolarów na skalę przemysłową.

„W tym roku była to impreza wychodząca” – powiedział Chris Mason, ekspert od sekwencjonowania w Weill Cornell Medicine. „To jak pójście na plażę i zobaczenie tylko kilku parasoli, a potem odwracasz się na sekundę i nagle jest cała scena”.

„To czas euforii” – dodał. „Śpimy z uśmiechem, to pewne”.

Przepustowość rośnie, a koszty spadają również w sekwencjonowaniu długich odczytów. PacBio zaskoczył społeczność zajmującą się genetyką człowieka w październiku, ogłaszając Revio, nowy instrument, nad którym potajemnie pracował, który obiecuje 30-krotny zasięg ludzkich genomów za około 1000 USD.

Firma Oxford Nanopore Technologies wprowadziła również nowy instrument na imprezę, z PromethIon 2 Solo, mniejszą wersją swojego urządzenia stacjonarnego, i trafiła na pierwsze strony gazet, umożliwiając ustanowienie rekordu szybkości sekwencjonowania diagnostycznego całego genomu.

Podczas gdy klienci mogą odczuwać euforię, firmy zajmujące się sekwencjonowaniem borykają się z wieloma bólami głowy. Oprócz presji konkurencyjnej istnieją obawy spowodowane globalnymi warunkami makroekonomicznymi. Notowane na giełdzie firmy Illumina, PacBio i Oxford Nanopore odnotowały na przykład spadek cen akcji o odpowiednio 47, 60 i 61 procent w stosunku do 2022 roku. Singular Genomics opóźnił wdrożenie instrumentu G4 z powodu problemów z łańcuchem dostaw, a nawet Illumina zdecydowała się zwolnić setki pracowników. COVID-19 nadal budzi niepokój: firmy zauważyły, że zamykanie laboratoriów i opóźnione zakupy wpłynęły na ich wyniki finansowe.

W przypadku MGI istnieją również przeszkody wynikające z międzynarodowych napięć politycznych. W październiku Departament Obrony USA dodał siostrzaną firmę MGI, BGI Genomics, do czarnej listy firm rzekomo powiązanych z chińską armią. MGI bagatelizowało swoje powiązania z BGI Genomics i podkreślało swoją koncentrację jako producenta instrumentów, ale nadal musi walczyć o swój status zagranicznego podmiotu na rynku amerykańskim.

Miniony rok miał nawet ostrzeżenie: start-up zajmujący się sekwencjonowaniem Genapsys zbankrutował zeszłego lata po spaleniu 70 milionów dolarów w nieco ponad rok, zniszczonym walkami wewnętrznymi między zarządem. Skrawki zostały sprzedane nowej firmie powiązanej z byłym inwestorem Farallon Capital Management za około 10 milionów dolarów w gotówce i przejęcie 32 milionów dolarów długu.

„Myślę, że głównym pytaniem jest, jak długo potrwa ta impreza i czy wszyscy szybko się zaaklimatyzują” – powiedział Mason. „Kiedy robi [the cost per Gb] zejść do mniej niż 1 dolara?”, zapytał. „Myślę, że zakłada się, że będzie dalej spadać, ale możemy mieć przerwę”.

Analityk firmy Cowen, Dan Brennan, uważa, że ​​ogólnie rzecz biorąc, Illumina pozostanie dominacją, zwłaszcza że sekwencjonowanie kliniczne będzie największym motorem napędowym rynku w ciągu najbliższych kilku lat. „[Singular] a wschodzący prywatni gracze, Element i Ultima, zyskają pewną przyczepność, ale pozostaną niewielkim procentem rynku” – napisał w grudniowej notatce do inwestorów po rozmowie z firmą konsultingową DeciBio. Od dawna czytany rynek sekwencjonowania również znajduje się w punkcie zwrotnym i zasugerował, że może podwoić swój udział w całym rynku NGS z około 4 procent do około 8 procent.

Podczas gdy wielu badaczy chce przetestować nowe instrumenty, inni grają w grę na przeczekanie. „Oczywiście, widok tych wszystkich sekwencerów był ekscytujący” – powiedziała Anoja Perera, dyrektor ds. sekwencjonowania i odkrywania genomiki w Stowers Institute. „Ale zamierzam poczekać i zobaczyć, co się trzyma, niech niektórzy ludzie się z nimi bawią i powiedzą mi, co działa, a co nie”.

Dla niej wyższa dokładność nie jest remisem, ale przyszła wielofunkcyjność może być. „Nie chcę tylko kolejnego pudełka, które może wykonać sekwencjonowanie” – powiedziała. „Wykonujemy dużo prac przestrzennych w celu odkrycia. Jeśli firma zajmująca się sekwencjonowaniem może to zrobić, rozważymy inwestycje”. Zauważyła, że ​​zarówno MGI, jak i Element dokuczały możliwościom przestrzennej omiki. Singular pracuje również nad oddzielnym instrumentem do zastosowań wykraczających poza proste sekwencjonowanie, w tym do multiomiki przestrzennej. Niektórzy przedsiębiorczy badacze znaleźli nawet sposoby na przekształcenie starych Illumina HiSeq w platformy genomiki przestrzennej.

„Gdyby tak się stało, byłby to dla mnie przełom” – powiedział Perera.