W miesięczniku ukazał się nowy artykuł redakcyjny zatytułowany „Przewidywanie funkcji molekularnych regulacyjnych wariantów genetycznych związanych z rakiem”. Oncotarget.

Niektóre dziedziczne zmienności genetyczne człowieka mogą przyczyniać się do istotnej różnorodności fenotypowej, takiej jak różny stopień indywidualnej podatności na rozwój określonych schorzeń i indywidualna reakcja na interwencje terapeutyczne. Do chwili obecnej w ramach szeroko zakrojonych badań asocjacyjnych obejmujących cały genom (GWAS) odkryto ponad 490 000 powiązań genotyp-fenotyp; jednakże funkcje molekularne większości odkrytych wariantów GWAS pozostają nieznane.

W swoim niedawnym artykule wstępnym badacze Jun S. Song i Mohith Manjunath z Uniwersytetu Illinois w Urbana-Champaign omawiają obliczeniowe metody analizy genetycznej z wykorzystaniem ekspresji loci cech ilościowych, struktur przewidywania regulacyjnych funkcji genetycznych, zastosowania do czynników transkrypcyjnych zaangażowanych w rozwój nowotworu i postęp i przyszłe implikacje dla ich metod w badaniach nad rakiem i medycynie precyzyjnej.

„Istnieje kilka wyzwań technicznych utrudniających nasze zrozumienie” – naukowcy rozpoczynają swoją argumentację.

Po pierwsze, wielkość efektu typowego wariantu genetycznego – mierzona jako iloraz szans wystąpienia genotypu w przypadku populacji kontrolnej – jest bardzo mała, co sugeruje, że makroskopowe różnice fenotypowe na poziomie systemów modulowane przez każdy wariant mogą również być małe i trudne wykryć. Następnie większość zgłoszonych wariantów znajduje się w regionach ludzkiego genomu niekodujących białek, co wskazuje, że prawdopodobnie wpływają one na regulację ekspresji niektórych nieznanych genów docelowych. Wreszcie odkryte warianty mogą same w sobie nie być funkcjonalne, ale mogą jedynie znajdować się w stanie braku równowagi powiązań genetycznych z innymi wariantami funkcjonalnymi.

„Obiecującym podejściem do sprostania tym wyzwaniom jest integracja metod genomicznych, epigenomicznych, transkryptomicznych i uczenia maszynowego w celu identyfikacji funkcjonalnych wariantów genetycznych i scharakteryzowania ich sposobu działania w regulacji genów docelowych” – twierdzą naukowcy.