Sekwencjonowanie całego genomu okazało się skuteczniejsze w identyfikowaniu genetycznych przyczyn rzadkich chorób
Autor: Josh Baxt | 12 czerwca 2024 r | 4 minuty Czytać |
Udział
Szczegóły artykułu
- Dr Pankaj Agrawal jest współautorem artykułu, który wykazał, że sekwencjonowanie całego genomu lepiej identyfikuje genetyczne przyczyny rzadkich chorób niż sekwencjonowanie całego egzomu.
- Do tego typu identyfikacji częściej stosuje się sekwencjonowanie całego egzomu, głównie ze względu na zmniejszenie się dysproporcji w kosztach.
- Dr Agrawal ma nadzieję, że sekwencjonowanie całego genomu stanie się standardem w diagnozowaniu rzadkich chorób.
Duża międzynarodowa współpraca badawcza wykazała, że sekwencjonowanie całego genomu (WGS) pozwala lepiej określić genetyczne przyczyny rzadkich chorób niż sekwencjonowanie całego egzomu (WES).
Jak wynika z badania opublikowanego w czasopiśmie „WES”, WES odczytuje jedynie geny produkujące białka, czyli około 2% genomu. New England Journal of Medicine.
„Przez wiele lat ludzie pytali, czy lepszym podejściem jest genom czy egzom” – powiedział Pankaj Agrawal, lekarz medycyny, kierownik Oddziału Neonatologii na Uniwersytecie w Miami Miller School of Medicine, Wydział Pediatrii i Jackson Health System oraz współautor: autor na papierze. „To prawdopodobnie największe badanie mające na celu zbadanie tej kwestii i pokazuje, że WGS znajduje różnice genetyczne, których nie uwzględnia sekwencjonowanie egzomów”.
Wyraźne korzyści z sekwencjonowania całego genomu
Do niedawna WGS był znacznie droższy niż WES, dlatego wiele laboratoriów wybierało tę drugą opcję, mimo że WES może pominąć różne warianty genetyczne i nie udało mu się zdiagnozować wielu pacjentów z rzadkimi chorobami. Lekarze często uważali testy diagnostyczne za równoważne WES i WGS, ale to badanie potwierdza wyraźną przewagę WGS nad WES.
W badaniu wzięło udział ponad 800 pacjentów i ich rodziny, u których prawdopodobnie występowały rzadkie odmiany choroby, które pozostały nierozpoznane po badaniu WES. W 8% tych przypadków WGS stwierdziło różnice, których WES nie zidentyfikował.
„W przypadku wielu z tych rodzin sekwencjonowanie egzomów nie dostarczyło odpowiedzi” – powiedziała dr Agrawal. „Cały genom dał odpowiedzi w 29% tych przypadków, ale zdaliśmy sobie sprawę, że wiele z tych odkryć można było wykryć, gdyby ponownie przeanalizowano dane z egzomu. Jednakże istniała ta wyjątkowa grupa – 8% przypadków – której w ogóle nie można było zdiagnozować na podstawie sekwencjonowania egzomu”.
Lepsza metoda diagnozowania chorób
Egzom może być najważniejszą częścią genomu, ponieważ zawiera wszystkie geny. Pomija to jednak potencjalne elementy regulacyjne decydujące o włączeniu lub wyłączeniu genów, a także kopie recesywne, które mogą ukrywać się w sekwencjach kodujących inne niż białka. WGS radzi sobie również lepiej z oceną zmienności kopii genów, mitochondrialnego DNA i innych defektów.
Korzyści te można jeszcze bardziej zwiększyć, skupiając się na konkretnych chorobach. Na przykład złożone schorzenia nerwowo-mięśniowe mogą być diagnozowane jeszcze szybciej dzięki WGS. Ogólnie rzecz biorąc, dr Agrawal i jego współautorzy chcieliby, aby WGS stała się standardem opieki w diagnostyce rzadkich chorób genetycznych.
„Pod względem cen genom i egzom są obecnie dość blisko” – stwierdził dr Agrawal. „To badanie dodatkowo potwierdza, że tam, gdzie to możliwe, powinniśmy zacząć od genomu. W diagnostyce klinicznej 8% to duża liczba i musimy zidentyfikować te problemy, abyśmy mogli zapewnić tym pacjentom najlepszą możliwą opiekę”.
Tagi: dr Pankaj Agrawal, genetyka, genomika, neonatologia, choroby rzadkie, sekwencjonowanie całego genomu
