NATIONAL HARBOR, Maryland — Sekwencjonowanie genomu płodu i obojga rodziców w ciąży z anomaliami strukturalnymi wykazało przyczynowy wariant genetyczny w prawie jednej piątej przypadków w prospektywnym badaniu kohortowym.

Do badania włączono pacjentki z anomaliami strukturalnymi płodu, a próbki trzech próbek (matka, ojciec, płód) wysłano do sekwencjonowania genomu. Do włączenia do badania wymagany był wcześniejszy, nieprzyczynowy kariotyp płodu i/lub mikromacierz chromosomalna.

Ogółem u 18,1% stwierdzono pozytywną diagnozę po sekwencjonowaniu genomu z patogenicznym/prawdopodobnie patogenicznym (P/LP) u 15,1% i wariantem o niepewnym znaczeniu (VUS) u 2,9%. Jak podaje Ronald Wapner, lekarz medycyny z Columbia University Irving Medical Center w Nowym Jorku, zajęcie pojedynczych narządów wystąpiło u 12,6%, a zajęcie wielu narządów u 26,2%.

Sekwencjonowanie przebiegło pomyślnie we wszystkich przypadkach, a średni czas realizacji wyniósł 11,5 dnia (w porównaniu do 13,7 dnia w przypadku mikromacierzy), ponieważ badacze mogli przeprowadzić to pierwsze na bezpośrednich próbkach bez hodowli, wyjaśnił Wapner w prezentacji na dorocznym spotkaniu Towarzystwa Medycyny Matczyno-Płodowej (SMFM) .

„Ponieważ zsekwencjonowaliśmy płody z anomaliami strukturalnymi, wyraźnie pokazaliśmy, że potrafimy zidentyfikować wysoki odsetek zaburzeń genetycznych” – powiedziała Wapner MedPage dzisiaj. „Dlatego następnymi krokami będzie identyfikacja tych czynników na znacznie wcześniejszym etapie ciąży i miejmy nadzieję, że pewnego dnia coś się zmieni”.

Wapner argumentował, że „sekwencjonowanie genomu należy uważać za badanie pierwszego stopnia służące do oceny anomalii strukturalnych płodu i właściwe może być stosowanie go jako pojedynczego testu, ponieważ sekwencjonowanie genomu może również dostarczyć nam tych samych informacji, co kariotyp i mikromacierz” .”

Joanne Stone, lekarz medycyny z Icahn School of Medicine w Mount Sinai w Nowym Jorku, która nie była zaangażowana w badania, powiedziała MedPage dzisiaj że badanie „naprawdę pokazuje wartość znacznie bardziej kompleksowych testów genetycznych. … Myślę, że będziemy świadkami znacznie częstszego stosowania tego rodzaju sekwencjonowania genomu pod kątem nieprawidłowości u płodu, ograniczeń wzrostu i tym podobnych rzeczy .”

Stone zauważył również, że firmy ubezpieczeniowe zazwyczaj zajmują się mikromacierzami chromosomowymi, ale rzadko zajmują się sekwencjonowaniem całego genomu. Wapner powiedział, że koszt sekwencjonowania spadł w ostatnich latach i że dzięki sekwencjonowaniu całego genomu można wyeliminować mikromacierz, kariotyp lub hodowlę komórkową, co pomoże przeciwdziałać tym kosztom.

– powiedział David Hackney, lekarz medycyny z Case Western Reserve University w Cleveland MedPage dzisiaj że posiadanie większej ilości danych może prowadzić do zapewnienia pacjentom wyższego poziomu poradnictwa. „Byłabym zaskoczona, gdyby za 5–10 lat cały genom nie był już tym, co robimy w przypadku przypadków płodów” – stwierdziła Hackney.

Pacjentki z wadami budowy płodu rekrutowano z pięciu ośrodków w USA od sierpnia 2019 r. do lipca 2023 r. Ogółem 751 z 5534 ciąż objętych badaniem przesiewowym spełniło kryteria włączenia i wyraziło zgodę na badanie.

Kryteriami włączenia były: obecność jakichkolwiek nieprawidłowości strukturalnych płodu, takich jak izolowane ograniczenie wzrostu płodu (jeśli zostało stwierdzone przed 24 tygodniem ciąży) i przezierność karku w zakresie 3,5–4,5 mm, a także zamiar kontynuowania ciąży na podstawie wyników badania USG. Wykluczono pacjentki z ciążą trwającą dłużej niż 36 tygodni i planowanym przerwaniem lub obumarciem płodu.

Kohorta składała się z około 60% rasy białej i dobrze wykształconej; rodzice byli po trzydziestce. Najbardziej widoczną anomalią była praca serca (16,6%). Uwzględniono powtarzające się diagnozy PTPN11 (n=8; zespół Noonana), NIPBL (n=5; zespół Cornelii de Lange), CHD7 (n=5; zespół CHARGE), MYRF (n=4; zespół sercowo-moczowo-płciowy) oraz PIEZO1 (n=4; wysięk/hydrops).

Próbki trio i fenotypy płodów wysłano do czterech różnych laboratoriów badawczych w celu sekwencjonowania genomu. Pozytywne wyniki zgodne z fenotypami zostały zgłoszone zespołowi klinicznemu; jednakże warianty VUS zostały zgłoszone według uznania lokalnego zespołu badawczego. Lokalni neonatolodzy ocenili dokumentację noworodka, aby określić wpływ na opiekę kliniczną. Ponadto komitet ekspertów niezależnie dokonał przeglądu wyników genetycznych i noworodkowych.

Spośród 751 ciąż 84,3% urodziło się żywo, 71,2% w grupie P/LP/VUS i 89,1% w grupie bez wariantów. Poród zakończył się ogółem w 8,3% przypadków, w porównaniu z 19,7% w grupie P/LP/VUS i 6% w grupie bez wariantów. W sumie 5,6% całej kohorty zakończyło się poronieniem/porodem martwego dziecka, podobnie jak 9,1% w grupie P/LP/VUS i 5% w grupie bez wariantów.

Grupa Wapnera podała, że ​​wśród 612 żywo urodzonych dzieci ze znanymi wynikami ogólna zmiana planu leczenia noworodków nastąpiła u 26%, podczas gdy zmiana opieki oparta na pozytywnych wynikach sekwencjonowania genomu nastąpiła u 70% i w 19% na podstawie negatywnych wyników sekwencjonowania genomu.