Zgodnie z niedawnym komunikatem prasowym z Badanie pediatryczne.

Diagnozowanie ludzkich zaburzeń genetycznych zostało uproszczone dzięki zastosowaniu sekwencjonowania nowej generacji (NGS), dzięki czemu naukowcy są w stanie identyfikować choroby na poziomie pojedynczego genu od czasu zmapowania ludzkiego genomu. Jednak sekwencjonowanie DNA nie jest w stanie zarejestrować zmian w niekodujących regionach genomu, które zostały zidentyfikowane jako kluczowe składniki niektórych zaburzeń.

Źródeł wielu zaburzeń genetycznych nie można wykryć za pomocą technik NGS, takich jak sekwencjonowanie całego egzomu (WES) i sekwencjonowanie całego genomu (WGS), co ogranicza skuteczność technik NGS w diagnozowaniu zaburzeń genetycznych. Sekwencjonowanie RNA zostało zidentyfikowane jako potencjalne narzędzie kliniczne do tego celu.

W sekwencjonowaniu RNA ograniczenia innych metod są pokonywane przy użyciu próbek fibroblastów, krwi i biopsji mięśni. Naukowcy mogą odkryć szczegóły dotyczące struktury, sekwencji i ilości niektórych sekwencji RNA. Poprawa diagnostyczna z sekwencji RNA została oszacowana przez badaczy na prawie 15%.

5 marca 2022 roku śledczy opublikowali artykuł w Badanie pediatryczne nad poprawą skuteczności diagnostycznej technik NGS poprzez sekwencjonowanie RNA. Zespołem kierował dr Holger Prokisch z Uniwersytetu Technicznego w Monachium.

„Sekwencjonowanie RNA wykazuje sukces w ustalaniu priorytetów i wykrywaniu nie tylko szkodliwych głębokich wariantów intronowych, ale także wariantów kodujących wpływających na ekspresję genów, które są często pomijane przez WES i WGS” – powiedział Prokisch.

Autorzy zauważyli 15% poprawę sekwencji opartej na DNA, gdy zastosowano sekwencjonowanie RNA w 8 wcześniejszych badaniach. Jednym z potencjalnych powodów nieprawidłowej zawartości RNA w komórkach wymienionych przez autorów był defekt w maszynerii komórki podczas transkrypcji spowodowany „nieprawidłową ekspresją”.

Innym powodem nieprawidłowej zawartości RNA omawianej przez badaczy były nieprawidłowe profile RNA i wyciszenie 1 allelu lub kopii genu spowodowane „mono-alleliczną ekspresją”. Ostatnim omawianym powodem było słabe przetwarzanie nowo utworzonego transkryptu RNA, co jest najczęściej spotykane w przypadku składania regionu niekodującego białka.

Te nieprawidłowe wzorce można łatwo wykryć za pomocą sekwencjonowania RNA. Jednak sekwencjonowanie RNA ma również ograniczenia, a ekspresja specyficzna dla tkanki ma kluczowe znaczenie dla tej metody. Kliniczne zastosowanie sekwencjonowania RNA jest nadal ograniczone, co sprawia, że ​​ważne jest włączenie dodatkowych danych NGS, takich jak proteomika.

„Jeśli uda nam się zidentyfikować i wykorzystać te nieprawidłowe fenotypy, identyfikacja rzadkich chorób genetycznych i ich przyczyn może stać się łatwiejsza i bardziej satysfakcjonująca w praktyce klinicznej” – podsumował Prokisch.

Odniesienie

Przegląd badań pediatrycznych rzuca światło na poprawę diagnostyki chorób genetycznych za pomocą sekwencjonowania RNA. Badanie pediatryczne. 8 lutego 2023 r. Dostęp: 8 lutego 2023 r.