Zespół tureckich naukowców z zadowoleniem przyjmuje wyjątkową okazję wykorzystania superkomputera „MareNostrum 5” do znalezienia sposobu leczenia rzadkiej choroby genetycznej, zespołu Tattona-Browna-Rahmana.

Utworzony w ramach Europejskiego Wspólnego Przedsięwzięcia w dziedzinie Obliczeń Wysokiej Wydajności (EuroHPC), którego Turcja jest członkiem od 2019 r., superkomputer w Barcelonie w Hiszpanii wyróżnia się jako urządzenie o możliwościach, które umożliwią nowe przełomy naukowe.

Technologia ta, zajmująca ósme miejsce na świecie, służy naukowcom i przemysłowi w wielu dziedzinach, szczególnie w dziedzinie sztucznej inteligencji, zmian klimatycznych, odnawialnych źródeł energii i nauk o zdrowiu.

MareNostrum 5 dysponuje mocą obliczeniową równą 380 000 laptopów i może w ciągu jednej godziny wykonać zadanie, na którego ukończenie przeciętnemu komputerowi potrzeba 46 lat.

Doktorant Serhan Turunç i badaczka Hatice Döşeme są częścią zespołu badawczego kierowanego przez wykładowcę Seyita Kale z Wydziału Biofizyki Uniwersytetu Izmir Katip Çelebi, który posiada laboratorium w Centrum Biomedycyny i Genomiki w Izmirze. Jako pierwsi tureccy naukowcy uzyskali dostęp do MareNostrum 5 w celu wykorzystania go w swoich badaniach genetycznych.

Tureccy naukowcy zamierzają opracować skuteczniejsze strategie diagnozowania i leczenia rzadkich chorób genetycznych, wykorzystując przez rok ogromną moc obliczeniową systemu.

Dzięki uzyskanemu czasowi obliczeniowemu naukowcy będą mogli przeprowadzić kompleksowe analizy i symulacje, aby zmapować te badania i odkryć nowe mechanizmy epigenetyczne.

Serhan Turunç powiedział agencji Anadolu (AA), że w badaniu komputer zostanie wykorzystany do prowadzenia badań genetycznych nad zespołem Tattona-Browna-Rahmana, rzadką chorobą powodującą zaburzenia wzrostu, niepełnosprawność umysłową, autyzm i przedwczesne starzenie się.

Stwierdzając, że pracowali nad projektem przez około dwa lata i że są szczęśliwi, że osiągnęli taki wynik, Turunç wyjaśnił: „Korzystając z metod obliczeniowych w środowisku komputerowym, określamy, jak zachowują się cząsteczki biologiczne w komórce. W naszych badaniach badamy dynamikę białka niosącego mutację powodującą chorobę i białka bez mutacji. W wyniku tego badania interpretujemy relacje wynikające z różnic za pomocą różnych eksperymentów i faktycznie tworzymy diagnozę chorób genetycznych na poziomie molekularnym, a w ten sposób kierujemy metodami terapeutycznymi do leczenia. Ważnym elementem tego badania jest to, że jest to podejście spersonalizowane”.

„Obecnie staramy się postawić diagnozę, badając objawy pacjenta w klinice, ale badanie mutacji u pacjenta na poziomie molekularnym ma potencjał, aby lepiej klasyfikować chorobę. Przewidujemy, że wraz z rozwojem zasobów obliczeniowych w przyszłości, diagnoza na poziomie molekularnym specyficzna dla każdego pacjenta i specjalne leki terapeutyczne mogą być opracowywane przy użyciu tych metod. Technologia będzie ewoluować w tym kierunku, a nasza praca jest pionierem w tym zakresie” – dodał.

Obraz molekularny

Kale stwierdził, że każda choroba ma wytłumaczenie molekularne i że badanie, o którym mowa, jest w tym kontekście bardzo ważne.

Dziękując władzom, które przyczyniły się do badań, zwłaszcza ekspertom w jego zespole, Kale powiedział: „Nie jest możliwe eksperymentowanie na każdym pacjencie za każdym razem, ale możliwe jest przeprowadzenie symulacji dla każdego pacjenta, w zależności od sytuacji. Tak więc nasza misja się zaczyna. Przedstawiamy obraz molekularny”.

Döşeme wyraził także wdzięczność i dumę z uzyskania dostępu do wyjątkowego komputera.