Badanie genomiczne prowadzone przez naukowców z Uniwersytetu Stanforda w Kalifornii przeprowadziło bardzo głębokie sekwencjonowanie metagenomiczne na 351 próbkach kału łowców-zbieraczy Hadza z Tanzanii. W swoim artykule „Ultra-głębokie sekwencjonowanie łowców-zbieraczy Hadza odzyskuje znikające mikroby jelitowe”, opublikowanym w Komórkazespół szczegółowo opisuje swoje gromadzenie i identyfikację najobszerniejszego zestawu danych sekwencjonowania mikrobiomu jelitowego z populacji łowców-zbieraczy.

Skład mikrobiomu może się znacznie różnić na całym świecie, w zależności od lokalnej diety i kontaktu ze środowiskiem. Badania mikrobiomu są silnie ukierunkowane na zachodnie populacje uprzemysłowione o niskiej różnorodności mikrobiomu. Uważa się, że niska różnorodność jest spowodowana spożyciem wysoko przetworzonej żywności, częstszym stosowaniem antybiotyków, wskaźnikami cięć cesarskich, poziomem warunków sanitarnych i ograniczonym kontaktem fizycznym ze zwierzętami i glebą.

Ten związek przyczynowy jest wspierany przez spojrzenie na populacje nieuprzemysłowione, w tym łowców-zbieraczy, o niezwykle dużej różnorodności mikrobiomu. Można to również zaobserwować w zmienionym mikrobiomie imigrantów z obszarów nieuprzemysłowionych do uprzemysłowionych kultur zachodnich jako przejście w kierunku niższej różnorodności mikrobiomu.

Wcześniejsza analiza starożytnych koprolitów ludzkich pokazuje, że starożytne mikrobiomy bardziej przypominają dużą różnorodność współczesnego mikrobiomu nieuprzemysłowionego niż mikrobiomu uprzemysłowionego.

Te linie drobnoustrojów związanych z człowiekiem były przekazywane przez pokolenia hominidów w głębokim okresie ewolucyjnym, a wiedza o tym, że mikroflora jelitowa odgrywa istotną rolę w zdrowiu człowieka, sugeruje, że brakujące obecnie aspekty uprzemysłowionego mikrobiomu oznaczają utratę funkcji, które zapewniały te drobnoustroje.

Lud Hadza w obecnym badaniu mieszka w centralnej dolinie Rift w Tanzanii w obozach liczących od około 5 do 30 osób. Osoby przemieszczają się między lokalizacjami obozów mniej więcej co cztery miesiące. Piją głównie ze źródeł i strumieni, a ich dieta obejmuje zbierane bulwy, jagody, miód i upolowane zwierzęta.

Sekwencjonowanie metagenomiczne przeprowadzono na próbkach kału pobranych od 167 osobników Hadza. Ponad połowa (59,7%) z 8,4 miliona rodzin białek znalezionych w bakteriach jelitowych Hadza jest nieobecna w bazie danych Unified Human Gastrointestinal Protein. Gatunki bakterii i wirusów występujące w mikrobiomach zwiększają globalny katalog znanej mikroflory o około 24%.

W celu lokalnego porównania zespół porównał wyniki z dorosłymi Kalifornijczykami i odkrył, że podczas gdy przeciętny mikrobiom jelitowy dorosłej rasy Hadza zawiera 730 gatunków, w kalifornijskim mikrobiomie jelitowym było tylko 277 gatunków.

Autorzy stwierdzają: „Ważnym wyzwaniem jest scharakteryzowanie wpływu tych drobnoustrojów na fizjologię człowieka i określenie, w jakich kontekstach brak lub obecność gatunków i funkcji jest korzystna lub szkodliwa dla zdrowia ludzkiego”.

Fascynujące będzie poznanie wpływu braku różnorodności na zachodni metabolizm lub jakich chorób, jeśli w ogóle, unikają populacje Hadza dzięki tej solidnej różnorodności. Jest mało prawdopodobne, aby brakująca mikrobiota z populacji uprzemysłowionych pojawiła się tam bez powodu, chociaż może po prostu być tak, że przyczyny już nie mają zastosowania.

Dzięki obecnym wysiłkom przyszli badacze mają wiele nowych tajemnic do rozwiązania i bardzo głęboki zsekwencjonowany zestaw danych, który poprowadzi ich przesłuchanie.

© 2023 Sieć Science X