Bakterie pracujące w GOŚ są niezbędne w procesie oczyszczania ścieków, dlatego też znajdują się pod ciągłą opieką pracowników oczyszczalni. Mikroorganizmy są bardzo wrażliwe na zmiany w składzie płynu. Nadmiar substancji ropopochodnych czy metali ciężkich może prowadzić do ich gwałtownego obumierania. Żeby skutecznie je chronić, skład ścieków monitorowany jest na każdym etapie oczyszczania, a zaczyna się już przy wlocie do oczyszczalni. W przypadku wykrycia zabójczych dla bakterii substancji ścieki są zatrzymywane w specjalnych zbiornikach retencyjnych i tam neutralizowane.

Bakterie w ściekach występują w sposób naturalny. Współegzystują z innymi mikroorganizmami: pierwotniakami, orzęskami, wrotkami, amebami. Tworzą żywy organizm zwany osadem czynnym. Gdy wzrasta stężenie toksyn w ściekach ilość „dobrych bakterii” maleje. Wtedy dodawane są preparaty (związki węgla organicznego), które znacznie zwiększają ich populację. Skuteczność pracy bakterii jest ciągle monitorowana. Zanim oczyszczony ściek trafi do rzeki Ner, jego próbki przechodzą badanie kontrolne w laboratorium GOŚ.

Cykl życia bakterii „zjadających” zanieczyszczenia trwa zaledwie kilkanaście godzin. Obumarłe i te, które się nadmiernie namnożyły przez dużą ilość pokarmu, tworzą osad wyławiany ze ścieków i transportowany do komór fermentacyjnych. Dzięki pracy innych mikroorganizmów, czyli bakterii fermentacyjnych, osad w komorach staje się mniej niebezpieczny dla środowiska. Ostatecznie jest odwadniany i spalany w piecach lokalnej elektrociepłowni. 

Bakterie pracujące w komorach fermentacyjnych produkują biogaz (metan), który również jest paliwem dla elektrociepłowni w GOŚ. Bakterie fermentacyjne wytwarzają taką ilość biogazu, który zaspokaja potrzeby energetyczne Grupowej Oczyszczalni Ścieków w 40% (10 tys. MWh).

Do Grupowej Oczyszczalni Ścieków w Łodzi trafia każdego roku około 70 milionów metrów sześciennych ścieków (70 miliardów litrów).