Nauka i technika

W jaki sposób edycja genów CRISPR jest wykorzystywana w badaniach nad chorobami zakaźnymi?

  • 11 sierpnia, 2024
  • 10 min read
W jaki sposób edycja genów CRISPR jest wykorzystywana w badaniach nad chorobami zakaźnymi?


Edycja genów CRISPR umożliwiła naukowcom przepisanie kodu genetycznego organizmów żywych i rewolucjonizuje medycynę. W 2023 r. Casgevy stała się pierwszą zatwierdzoną przez amerykańską Agencję ds. Żywności i Leków (FDA) terapią wykorzystującą CRISPR-Cas9, oferując nową nadzieję pacjentom z niedokrwistością sierpowatokrwinkową.

Oprócz zastosowań w terapii komórkowej i genowej, technologia CRISPR staje się coraz bardziej popularnym narzędziem w badaniach nad chorobami zakaźnymi. Pozwoliła naukowcom na lepsze zrozumienie biologii i genetyki ludzkich patogenów i jest badana jako technika diagnozowania i leczenia chorób, takich jak wirus niedoboru odporności ludzkiej (HIV). Tutaj podkreślamy niektóre z najnowszych zastosowań edycji genów CRISPR w badaniach nad chorobami zakaźnymi.

Czy edycja genów CRISPR może okazać się lekarstwem na HIV?

Retrowirusy, takie jak HIV, sprytnie integrują swój materiał genetyczny z genomem gospodarza i są niezwykle trudne do leczenia. Nawet przy skutecznym leczeniu niektóre komórki odpornościowe przechodzą w stan spoczynku, ale nadal zawierają DNA HIV.

Zakażenie wirusem HIV jest obecnie uleczalne za pomocą dożywotniej terapii przeciwwirusowej, która ma na celu zmniejszenie ładunku wirusowego do niewykrywalnego poziomu, ale nie jest uleczalne. CRISPR dał nową nadzieję w poszukiwaniu lekarstwa na HIV, a naukowcy pracują nad wykorzystaniem tej technologii do całkowitego usunięcia wirusowego DNA z genomu komórek gospodarza.

Naukowcy z Temple University opublikowali w zeszłym roku dowody pokazujące, że pojedyncza iniekcja nowatorskiej metody edycji genów CRISPR bezpiecznie i skutecznie usuwa wirus niedoboru odporności małp (SIV) z genomu makaków rezus.

Wyniki tego badania przygotowały grunt pod trwające badanie kliniczne fazy 1/2 EBT-101, terapii edycji genu CRISPR-Cas9 specyficznej dla wirusa HIV, która otrzymała oznaczenie Fast Track FDA w lipcu 2023 r. Badanie przedkliniczne, opublikowane w czasopiśmie Terapia genowastanowiło znaczący postęp w opracowaniu lekarstwa na HIV u ludzi.

Czym jest EBT-101?

EBT-101 to na żywo Kandydat na terapię opartą na CRISPR, zaprojektowany do wycinania prowirusowego DNA HIV z komórek zakażonych HIV. Leczenie wykorzystuje CRISPR-Cas9 i dwa przewodniki RNA, które celują w trzy miejsca w genomie HIV, wycinając w ten sposób duże części genomu HIV.

W badaniu koncepcyjnym (którego wyniki nie zostały jeszcze poddane recenzji), zaprezentowanym na Europejskim Kongresie Mikrobiologii Klinicznej i Chorób Zakaźnych (ECCMID) w 2024 r., naukowcy twierdzili, że usunęli wirus HIV z laboratoryjnie hodowanych komórek, stosując edycję genu CRISPR-Cas9.*

Według naukowców przyjęli oni podejście o szerokim spektrum, wykorzystując technologię CRISPR do edycji dwóch regionów genomu HIV, które są zachowane we wszystkich znanych szczepach wirusa. Odkryli, że rozmiar wektora użytego do transportu kasety kodującej terapeutyczne odczynniki CRISPR-Cas do komórek był zbyt duży. Innym wyzwaniem było dotarcie do komórek rezerwuarowych HIV, które odbijają się, gdy leczenie antyretrowirusowe HIV zostaje przerwane.

Warto przeczytać!  Użyłem analizy DNA, aby znaleźć moją biologiczną rodzinę, która wysłała mnie na 3 kontynenty

Aby przezwyciężyć te wyzwania, autorzy wypróbowali różne techniki, aby zmniejszyć rozmiar kasety, a zatem i samego systemu wektora. Udało im się zminimalizować rozmiar wektora, zwiększając jego dostarczanie do komórek zakażonych wirusem HIV, i byli w stanie celować w komórki rezerwuarowe HIV, koncentrując się na określonych białkach znajdujących się na powierzchniach tych komórek.

Autorzy stwierdzili,, „Opracowaliśmy skuteczny, kombinatoryczny atak CRISPR na wirusa HIV w różnych komórkach i miejscach, w których może się on ukrywać w rezerwuarach, i wykazaliśmy, że leki można dostarczać konkretnie do interesujących komórek”.

Naukowcy mają nadzieję przejść do modeli przedklinicznych, aby zbadać bezpieczeństwo i skuteczność strategii terapeutycznej łączącej terapie CRISPR i odczynniki ukierunkowane na receptory.

Enzymy CRISPR wspomagają proaktywne planowanie na wypadek przyszłych pandemii

Poszukiwanie sposobów na udoskonalenie rozwiązań opartych na CRISPR w przypadku wirusów RNA, które mogłyby pomóc w zwalczaniu przyszłych pandemii, jest aktywną dziedziną badań.

Systemy CRISPR-Cas13 stały się niezastąpionym narzędziem w różnych zastosowaniach związanych z targetowaniem RNA, w tym w opracowywaniu rozwiązań antywirusowych w celu zwalczania wirusów takich jak SARS-CoV-2.

Przykłady enzymów Cas

Wiele białek powiązanych z CRISPR (Cas) posiada aktywność nukleazy i odgrywa istotną rolę w systemie obronnym bakterii i archeonów. W 2005 r. odkryto pierwsze białko Cas o aktywności nukleazy podczas badania genomu Paciorkowiec termofilny. Białko to jest obecnie znane jako Cas9 i jest jednym z najpowszechniejszych białek Cas używanych w edycji genów DNA metodą CRISPR. Inne popularne systemy obejmują system CRISPR-Cas13, który jest używany do precyzyjnej manipulacji RNA bez trwałych zmian w genomie. Enzymy Cas12 i Cas14 są również badane w technologiach edycji genomu.

W obrębie rodziny Cas13, Cas13d jest najbardziej aktywnym podtypem w komórkach ssaków. Jest jednak nieefektywny w cytoplazmie komórek, gdzie replikuje się wiele wirusów RNA.

Naukowcy z Helmholtz Munich i Technical University of Munich pokonali tę przeszkodę, konstruując nukleocytoplazmatyczny system wahadłowy Cas13d (Cas13d-NCS). System ten może przenosić jądrowe RNA CRISPR do cytozolu.

Naukowcy wykazali, że Cas13d-NCS przewyższa swoje poprzednie metody w degradacji docelowych cząsteczek mRNA i neutralizacji samoreplikującego się RNA, w tym replikujących się sekwencji kilku wariantów wirusa SARS-CoV-2.

To osiągnięcie stanowi ważny krok w kierunku wzmocnienia naszych zabezpieczeń przed przyszłymi epidemiami wirusów RNA.