Zastępować <!-- WHAT GOES HERE?????? --> z poniższym kodem paginacji:

<div class="pagination">
    <?php 
        echo paginate_links( array(
            'base'         => str_replace( 999999999, '%#%', esc_url( get_pagenum_link( 999999999 ) ) ),
            'total'        => $query->max_num_pages,
            'current'      => max( 1, get_query_var( 'paged' ) ),
            'format'       => '?paged=%#%',
            'show_all'     => false,
            'type'         => 'plain',
            'end_size'     => 2,
            'mid_size'     => 1,
            'prev_next'    => true,
            'prev_text'    => sprintf( '<i></i> %1$s', __( 'Newer Posts', 'text-domain' ) ),
            'next_text'    => sprintf( '%1$s <i></i>', __( 'Older Posts', 'text-domain' ) ),
            'add_args'     => false,
            'add_fragment' => '',
        ) );
    ?>
</div>

WordPress posiada przydatną funkcję o nazwie paginate_links() który wykonuje ciężkie prace. W powyższym przykładzie niestandardowy obiekt WP_Query $query jest używany zamiast globalnego $wp_query obiekt.

Edytować:
W odpowiedzi na komentarz @mark-in-motion, oto przykład funkcji opakowującej dla paginate_links() które zrobiłem jakiś czas temu. Możesz dodać to do swojego motywu functions.phpWtedy zadzwoń echo my_pagination(); w szablonie, aby wyświetlić paginację.

/**
 * Numeric pagination via WP core function paginate_links().
 * @link 
 *
 * @param array $args
 *
 * @return string HTML for numneric pagination
 */
function my_pagination( $args = array() ) {
    global $wp_query;
    $output="";

    if ( $wp_query->max_num_pages <= 1 ) {
        return;
    }

    $pagination_args = array(
        'base'         => str_replace( 999999999, '%#%', esc_url( get_pagenum_link( 999999999 ) ) ),
        'total'        => $wp_query->max_num_pages,
        'current'      => max( 1, get_query_var( 'paged' ) ),
        'format'       => '?paged=%#%',
        'show_all'     => false,
        'type'         => 'plain',
        'end_size'     => 2,
        'mid_size'     => 1,
        'prev_next'    => true,
        //'prev_text'    => __( '&laquo; Prev', 'text-domain' ),
        //'next_text'    => __( 'Next &raquo;', 'text-domain' ),
        //'prev_text'    => __( '&lsaquo; Prev', 'text-domain' ),
        //'next_text'    => __( 'Next &rsaquo;', 'text-domain' ),
        'prev_text'    => sprintf( '<i></i> %1$s',
            apply_filters( 'my_pagination_page_numbers_previous_text',
            __( 'Newer Posts', 'text-domain' ) )
        ),
        'next_text'    => sprintf( '%1$s <i></i>',
            apply_filters( 'my_pagination_page_numbers_next_text',
            __( 'Older Posts', 'text-domain' ) )
        ),
        'add_args'     => false,
        'add_fragment' => '',

        // Custom arguments not part of WP core:
        'show_page_position' => false, // Optionally allows the "Page X of XX" HTML to be displayed.
    );

    $pagination_args = apply_filters( 'my_pagination_args', array_merge( $pagination_args, $args ), $pagination_args );

    $output .= paginate_links( $pagination_args );

    // Optionally, show Page X of XX.
    if ( true == $pagination_args['show_page_position'] && $wp_query->max_num_pages > 0 ) {
        $output .= '<span class="page-of-pages">' .
                                    sprintf( __( 'Page %1s of %2s', 'text-domain' ), $pagination_args['current'], $wp_query->max_num_pages ) .
                '</span>';
    }

    return $output;
}