Badania prowadzone przez Sun Yat-sen University Cancer Center w Chinach ujawniły genetyczne ryzyko raka nosogardzieli. W artykule zatytułowanym „Wysokoprzepustowa identyfikacja elementów regulatorowych i testy czynnościowe w celu odkrycia genów podatności na raka nosowo-gardłowego” opublikowanym w czasopiśmie American Journal of Human Geneticsmiędzynarodowy zespół zastosował wiele metod genomicznych do identyfikacji genów krytycznych dla rozwoju raka nosogardzieli.

Rak nosowo-gardłowy (NPC) jest agresywnym nowotworem, który wywodzi się z górnej części gardła za nosem i jest związany z infekcją wirusem Epsteina-Barr, członkiem rodziny wirusów opryszczki, który powoduje mononukleozę lub „mono”. Infekcje Epsteina-Barra są globalne i tak powszechne, że większość ludzi w pewnym momencie zostaje zarażona wirusem.

Wirus Epstein-Barr był związany z ryzykiem związanym z NPC, z podwyższonym czynnikiem ryzyka dla osób pochodzenia chińskiego. Częstość występowania NPC jest najwyższa we wschodniej i południowo-wschodniej Azji, stanowiąc 77% nowych przypadków NPC na całym świecie, co wskazuje na silny aspekt ryzyka genetycznego w rozwoju choroby.

Wcześniejsze prace zespołu i innych instytucji badawczych pozwoliły zidentyfikować wiele genetycznych powiązań z NPC. Sieć rzucona przez te poprzednie badania była szeroka, pozostawiając określone mechanizmy chorobowe ukryte w większej sieci interakcji.

W bieżącym badaniu przeprowadzono powiązania genetyczne, łącząc 6907 przypadków i 10 472 kontrole, aby zidentyfikować dodatkowe loci podatności NPC. Odkrycia sugerują, że geny PHF2 i CDKN2B-AS1 mogą odgrywać istotną rolę w rozwoju NPC i podkreślają znaczenie szlaku naprawy uszkodzeń DNA.

Badanie połączyło badania epidemiologiczne z profilowaniem genomowym i eksperymentami, aby dostarczyć głębszych dowodów na związek między polimorfizmami pojedynczego nukleotydu (SNP) a podatnością na NPC. Odkryli, że sekwencje cis-regulatorowe wykazują różną aktywność regulacyjną, gdy zawierają allele ryzyka lub ochronne SNP.

Sekwencje regulatorowe cis, takie jak wzmacniacze i promotory, mogą kontrolować fizjologię, regulując dostęp do genów, wpływając na to, kiedy iz jakim poziomem intensywności geny ulegają ekspresji.

Zidentyfikowane allele ryzyka zmniejszały aktywność wzmacniającą elementu regulacyjnego, hamując ekspresję docelowego genu PHF2. Zmniejszenie PHF2 promowało proliferację komórek i klonogenność, co sugeruje jego rolę jako supresora nowotworu w NPC.

Allele ryzyka w tym samym locus zwiększyły aktywność wzmacniacza innego elementu regulatorowego, prowadząc do wyższej ekspresji CDKN2B-AS1. Nadekspresja CDKN2B-AS1 promowała proliferację komórek i klonogenność, co wskazuje na jego onkogenną rolę w NPC.

Naukowcy sugerują, że zidentyfikowane SNP można wykorzystać jako biomarkery do przewidywania ryzyka NPC i że uzasadnione są dalsze badania w celu wyjaśnienia mechanizmu molekularnego zidentyfikowanych genów podatności.