Studium MARTY

Ta praca była motywowana identyfikacją genetycznych czynników ryzyka nawrotu VT w badaniu MARseille THrombosis Association (MARTHA) [25, 26]. Badanie MARTHA obejmuje 2837 niespokrewnionych pacjentów z VT, którzy odbyli wizytę konsultacyjną w ośrodku trombofilii szpitala La Timone w Marsylii (Francja) w latach 1994–2012. Data włączenia pacjentów odnosi się do tej wizyty. Wszyscy pacjenci z co najmniej jednym udokumentowanym VT, wolni od jakichkolwiek chorób przewlekłych i dobrze scharakteryzowanych genetycznych czynników ryzyka, w tym homozygotyczności pod względem czynnika V Leiden lub czynnika II 20210A, niedoborów białka C, białka S i antytrombiny oraz antykoagulantu toczniowego, kwalifikowali się. W ramach pomocniczego badania genetycznego podpróbkę 1592 pacjentów MARTHA typowano za pomocą macierzy genotypowania o dużej gęstości, określanych dalej jako podpróbka MARTHA GWAS (gdzie GWAS oznacza badanie asocjacyjne całego genomu) [27]. Badanie cząstkowe MARTHA GWAS zostało rozszerzone na okres 2013–2018 i ponownie skontaktowano się z pacjentami w celu zebrania informacji na temat zdarzeń VT po włączeniu.

Badanie podrzędne MARTHA GWAS i nawrót częstoskurczu komorowego

Poprzednie zastosowanie standardowych procedur kontroli jakości na danych dotyczących genotypu całego genomu uczestników programu MARTHA doprowadziło do wybrania 1542 pacjentów z VT do analiz genetycznych [27]. Z tych pozostałych osób dodatkowo wykluczyliśmy pacjentów z chorobą autoimmunologiczną lub rakiem w momencie włączenia lub z brakującymi informacjami na temat czasu do nawrotu VT dla zainteresowanych pacjentów. Ostatecznie 1518 pacjentów z VT pozostawiono do analizy nawrotu VT. Wśród tych pacjentów 411 miało już co najmniej jeden nawrót VT przed włączeniem. Zebrano daty, typy (DVT lub PE) i sprowokowane postacie pierwszego VT i pierwszego nawrotu. W latach 2013–2018 ponownie kontaktowano się z pacjentami za pośrednictwem rozmowy telefonicznej, kwestionariusza pocztowego lub wizyty lekarskiej w celu zebrania informacji na temat VT po włączeniu. Spośród 1107 pacjentów z unikalnym VT w chwili włączenia, 846 (76%) mogło zostać ponownie nawiązanych, co doprowadziło do zidentyfikowania 160 dodatkowych pierwszych nawrotów. Pod koniec drugiej fazy informacje na temat stanu życiowego osób niereagujących uzyskano za pośrednictwem Répertoire National d’Identification des Personnes Physiques (RNIPP) lub danych medycznych. Status życiowy był ostatecznie dostępny dla 1380 osób, w tym 73 zgonów.

Ambispektywny projekt

Ponieważ obecny projekt ma na celu ocenę wpływu ABO polimorfizmów ryzyka nawrotu po pierwszym VT można wyróżnić 4 różne typy uczestników MARTHA (ryc. 1). Przypadek 1 odpowiada pacjentom, u których wystąpił pojedynczy VT przed włączeniem do badania i którzy byli obserwowani podczas fazy ponownego kontaktu, w której nie zaobserwowano nawracającego zdarzenia. Przypadek 2 reprezentuje pacjentów, u których wystąpił pojedynczy VT przed włączeniem i doświadczyli powtarzającego się zdarzenia, które zostało zebrane podczas fazy ponownego kontaktu. Przypadek 3 odpowiada pacjentom z pojedynczym VT przed włączeniem, dla których nie zebrano żadnych informacji kontrolnych podczas fazy ponownego kontaktu (tj. utracono z obserwacji). Wreszcie przypadek 4 przedstawia pacjentów, u których wystąpił zarówno pierwszy VT, jak i nawrót przed włączeniem do badania. Dla każdej z tych 4 sytuacji okres ryzyka, kluczowy element w analizie powtarzających się danych, który reprezentuje okres czasu, który przyczynia się do oszacowania ryzyka nawrotu, jest pokazany na szaro na ryc. 1.

Ilustracja 4 scenariuszy pacjentów włączonych do badania MARTHA. Przypadek 1: pacjenci, u których wystąpił pojedynczy VT przed włączeniem do badania i którzy byli obserwowani podczas fazy ponownego kontaktu, w której nie zaobserwowano nawrotu zdarzenia. Przypadek 2: pacjenci, u których wystąpił pojedynczy VT przed włączeniem i doświadczyli powtarzającego się zdarzenia, które zostało zebrane podczas fazy ponownego kontaktu. Przypadek 3: pacjenci z pojedynczym VT w chwili włączenia, dla których nie zebrano żadnych informacji kontrolnych podczas fazy ponownego kontaktu (tj. utracono z obserwacji). Przypadek 4: pacjenci, u których wystąpił zarówno pierwszy VT, jak i nawrót przed włączeniem do badania. Dla wszystkich 4 sytuacji okres ryzyka jest pokazany na szaro z przerywanymi liniami dla okresu po włączeniu i przerywanymi liniami dla okresu retrospektywnego

W standardowej analizie kohortowej tylko okres po włączeniu pacjentów z Przypadków 1 i 2 (przedstawiony liniami przerywanymi), dalej określany jako „próbka prospektywna”, zostaną wykorzystane do zbadania czynników ryzyka nawrotu. Ponieważ jednak polimorfizmy genetyczne są utrwalone w chwili urodzenia, wszystkie przypadki pacjentów mogą przyczynić się do analizy genetycznej podatności na nawrót VT, biorąc pod uwagę pierwszy VT jako punkt wyjścia do analizy (linie nieciągłe). Ta ostatnia uwaga dotyczy również zmiennych niegenetycznych dostępnych w czasie pierwszego VT, które są stałe w czasie, takich jak płeć i wiek pierwszego VT. W dalszej części będziemy odnosić się do „próbka ambispektywna” [28] gdy rozważa się jednocześnie cztery sytuacje, ponieważ obejmuje to zarówno nawroty VT przed, jak i po włączeniu, to znaczy nawroty, które wystąpiły przed lub w oknie obserwacyjnym.

Wreszcie MARTA próbka prospektywna składał się z 846 pacjentów obejmujących 160 nawrotów VT i rozszerzony próbka ambispektywna obejmowało 1518 pacjentów, w tym 571 nawracających VT.

Statystyczne modelowanie powtarzających się zdarzeń przy użyciu ważonego modelu Coxa

Model proporcjonalnego hazardu Coxa to popularny model półparametryczny zaproponowany przez Coxa w 1972 r. [29]. Związek między chwilową funkcją ryzyka (lub funkcją hazardu) związaną z wystąpieniem zdarzenia a wektorem \(Z\) zmiennych objaśniających można zapisać w następujący sposób: \({\lambda \left(t,Z,\beta \right)= \lambda }_{0}\left(t\right)\mathrm{exp}({\beta}^{\top }Z)\ ) Gdzie \(\beta\) jest wektorem współczynników regresji i \({\lambda}_{0}
ABO determinacja genetyczna grupy krwi

Pięć ABO badano polimorfizmy w celu wnioskowania ABO grupy krwi. Zgodnie z ostatnimi zaleceniami [12]rs8176719-delG użyto do oznaczenia O1, allel rs41302905-T dla O2, rs2519093-T dla A1, rs1053878-A dla A2 i allel rs8176743-T dla B.

Ponieważ uczestnicy MARTHA i MEGA zostali wpisani przez wysokoprzepustowe tablice genotypowania i przypisani do haplotypów wersji 2 zintegrowanej wersji 1000G fazy I, wykorzystaliśmy najlepiej odgadnięte genotypy z przypisanych danych, aby wywnioskować ABO grupy krwi [27, 36]. Należy zauważyć, że wszystkie 5 polimorfimów ma jakość imputacji większą niż 0,9 w MARTHA i MEGA. Można było wnioskować ABO haplotypy i para haplotypów bez dwuznaczności odpowiednio dla 1504 (99,1%) i 1248 (99,5%) uczestników MARTHA i MEGA. Wreszcie MARTA próbka prospektywna składała się z 839 osób, w tym 159 nawrotów, rozszerzona MARTHA próbka ambispektywna obejmował 1504, wśród których zaobserwowano 565 nawrotów, a próba MEGA składała się z 1248 osób, w tym 428 nawrotów. Szczegółowy schemat blokowy podpróbek MARTHA przedstawiono na dodatkowym rysunku S1.

Strategia modelowania

Stowarzyszenie ABO Grupy krwi z pierwszym nawrotem zostały przetestowane przy założeniu efektów addytywnych ABO znakowanie polimorfimów, używając grupy O1 jako odniesienia. Analizy dostosowano do płci, stanu prowokowania pierwszego VT (odpowiadającego obecności czynnika ryzyka czasowo sprzyjającego VT, takiego jak ciąża lub zabieg chirurgiczny), wieku pierwszego VT, typu pierwszego VT (DVT lub PE) i pierwszego 4 główne składniki pochodzące z danych genotypowych GWAS, zgodnie z literaturą [8].

Wreszcie, ABO parametry asocjacji z MARTHA ambiwalentny a analizy MEGA zostały poddane metaanalizie przy użyciu modelu z efektami stałymi (metodologia Mantela-Haenszela) w celu podkreślenia obserwowanych trendów [37].