Naukowcy z Kompleksowego Centrum Raka im. Dana L. Duncana w Baylor College of Medicine i Centrum Sekwencjonowania Genomu Ludzkiego zbadali, w jakim stopniu formy zmienności genetycznej zwane linią zarodkową lub dziedziczną zmiennością strukturalną (SV) wpływają na ekspresję genów w nowotworach u ludzi.

„Zmienność strukturalna to jeden z rodzajów zmienności genomu i może być korzystna, neutralna lub, jeśli wpływa na funkcjonalnie istotne regiony genomu, może poważnie wpłynąć na funkcję genów i przyczynić się do chorób, w tym raka” – powiedział korespondent, dr Chad Creighton, profesor medycyny i współdyrektor bioinformatyki nowotworów w Kompleksowym Centrum Onkologii im. Dana L. Duncana w Baylor.

Różnice strukturalne to większe różnice w genomie, które pojawiają się, gdy fragment DNA jest duplikowany, usuwany lub zamieniany, co może wpływać na instrukcje genetyczne zakodowane w DNA i wpływać na ekspresję pobliskich genów. Poprzednie badania prowadzone przez naukowców wykazały, że zmiany strukturalne występujące w określonych typach komórek, takich jak komórki piersi, mogą silnie wpływać na ekspresję genów w sposób, który przyczynia się do przekształcenia zdrowej komórki piersi w komórkę nowotworową.

„Wiadomo, że zmienność strukturalna linii zarodkowej może również wpływać na profil molekularny nowotworów” – powiedział Creighton. „Tutaj badamy zakres jego wkładu”. Badanie zostało opublikowane w Medycyna raportów komórkowych.

Badanie i ustalanie priorytetów powiązań ekspresji SV linii zarodkowej

Naukowcy pracowali nad danymi opracowanymi przez konsorcjum Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes, które obejmują dane z sekwencjonowania całego genomu z 2658 nowotworów w 38 typach nowotworów obejmujących 20 głównych tkanek pochodzenia. Zespół zintegrował te dane z danymi dotyczącymi RNA, aby zidentyfikować geny, których ekspresja była powiązana z pobliskimi zmianami strukturalnymi linii zarodkowej.

„Odkryliśmy, że większość genów związanych ze zmianami strukturalnymi linii zarodkowej niekoniecznie odgrywa określoną rolę w nowotworze, ale w przypadku niektórych genów zmienność ekspresji może być powiązana z innymi schorzeniami” – powiedział Creighton.

Jednocześnie kilka genów dotkniętych zmiennością strukturalną linii zarodkowej mogłoby prawdopodobnie przyczyniać się do raka, na przykład jeśli te geny mają ustalony związek z nowotworem lub związek z przeżyciem pacjenta”.

Badanie to pokazuje, że zmienność strukturalna linii zarodkowej reprezentuje normalną klasę zmienności genetycznej przekazywanej z pokolenia na pokolenie i może odgrywać znaczącą rolę w rozwoju raka. Naukowcy proponują, że powstały w tym badaniu podzbiór genów powiązanych z rakiem będzie silnym kandydatem do dalszych badań nad ich wartością w testach genetycznych.

Fengju Chen, Yiqun Zhang i Fritz J. Sedlazeck również wnieśli swój wkład w tę pracę.

Badanie to zostało wsparte grantem Narodowego Instytutu Zdrowia P30CA125123.

Autor: Ana María Rodríguez, Ph.D.

Śledź z laboratoriów na X @BCMFromtheLabs i Instagramie!